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- PDB-2luc: Solution Structure of human S100 calcium-binding protein A11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2luc
タイトルSolution Structure of human S100 calcium-binding protein A11
要素Protein S100-A11
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand motif / homodimer / calcium-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cadherin binding involved in cell-cell adhesion / S100 protein binding / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of DNA replication / ruffle / adherens junction / calcium-dependent protein binding / secretory granule lumen / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding ...cadherin binding involved in cell-cell adhesion / S100 protein binding / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of DNA replication / ruffle / adherens junction / calcium-dependent protein binding / secretory granule lumen / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A11 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A11 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hung, K.W. / Chang, Y.M. / Yu, C.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2012
タイトル: NMR structure note: the structure of human calcium-bound S100A11.
著者: Hung, K.W. / Chang, Y.M. / Yu, C.
履歴
登録2012年6月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A11
B: Protein S100-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5092
ポリマ－23,5092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A11 / Calgizzarin / Metastatic lymph node gene 70 protein / MLN 70 / Protein S100-C / S100 calcium- ...Calgizzarin / Metastatic lymph node gene 70 protein / MLN 70 / Protein S100-C / S100 calcium-binding protein A11


分子量: 11754.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A11, MLN70, S100C / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31949

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D HN(CA)CO
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY
11113D 15N-edited NOESY-HSQC
11213D 13C-edited NOESY-HSQC
11313D 13C F1-filtered, F3-edited NOESY-HSQC
11413D HBHA(CO)NH
11513D H(CCO)NH
11613D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100A11, 25 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMS100A11-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMTRIS-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
90 %H2O-51
10 %D2O-61
試料状態イオン強度: 0.0725 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
VnmrJVarian解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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