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万見
- PDB-2ls6: Solution NMR Structure of a Non-canonical galactose-binding CBM32... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ls6
タイトルSolution NMR Structure of a Non-canonical galactose-binding CBM32 from Clostridium perfringens
要素Hyaluronoglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolases / Carbohyrate-binding modules / Galactose
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / carbohydrate derivative metabolic process / protein modification process => GO:0036211 / polysaccharide catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / FIVAR domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / FIVAR domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Dockerin domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyaluronoglucosaminidase / Hyaluronoglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model 21
Model type detailsminimized average
データ登録者Grondin, J.M. / Chitayat, S. / Ficko-Blean, E. / Boraston, A.B. / Smith, S.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: An unusual mode of galactose recognition by a family 32 carbohydrate-binding module.
著者: Grondin, J.M. / Chitayat, S. / Ficko-Blean, E. / Houliston, S. / Arrowsmith, C.H. / Boraston, A.B. / Smith, S.P.
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32014年2月12日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyaluronoglucosaminidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3521
ポリマ－18,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Hyaluronoglucosaminidase


分子量: 18352.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 660-800 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_0184, nagH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0TUP2, UniProt: A0A0H2YRL1*PLUS, hyaluronoglucosaminidase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HNHA
11013D (H)CCH-COSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2888 / NOE long range total count: 1555 / NOE medium range total count: 319 / NOE sequential total count: 1014
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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