PDB-2lrm: Assignment and structure of E coli periplasmic protein YmgD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lrm

タイトル

Assignment and structure of E coli periplasmic protein YmgD

要素

Uncharacterized protein ymgD

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

YmgD protein / Uncharacterised protein YmgD / YmgD domain superfamily / YmgD protein / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / outer membrane-bounded periplasmic space / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein YmgD

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, explicit solvent

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Wu, K. / Inouye, M. / Baum, J. / Hsu, S. / Masuda, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of homodimeric periplasmic protein YmgD in E. coli
著者: Wu, K. / Masuda, H. / Hsu, S.D. / Baum, J. / Inouye, M.

履歴

登録	2012年4月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lrm.cif.gz	969.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lrm.ent.gz	818.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lrm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lrm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lrvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iae-1 2o09-2 2o0g-2 2o0c-1 3tfe-1 3tfa-2 5xzt-5 3tfd-2 2o0c-2 3tf8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18283

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein ymgD

B: Uncharacterized protein ymgD

19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein ymgD 分子量: 9737.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ymgD, b1171, JW5177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0AB46
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CA)CO
1	6	1	3D C(CO)NH
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D CBCA(CO)NH
1	11	1	3D 1H-15N NOESY
1	12	1	3D 1H-15N TOCSY
1	13	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] YmgD, 100 mM Sodium acetate, 50 mM NaCl, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.4 mM	YmgD-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
90 %	H2O-2		1
10 %	D2O-3		1
100 mM	Sodium acetate-4		1
50 mM	NaCl-5		1

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Xplor-NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing, explicit solvent / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE, Dihedral angles, RDC and symmetry restraints, explicit solvent refinement and full electrostatics

NMR constraints

NOE constraints total: 2146 / NOE intraresidue total count: 520 / NOE long range total count: 188 / NOE medium range total count: 630 / NOE sequential total count: 752

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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