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万見
- PDB-2lr8: Solution NMR Structure of CASP8-associated protein 2 from Homo sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lr8
タイトルSolution NMR Structure of CASP8-associated protein 2 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8150A
要素CASP8-associated protein 2
キーワードAPOPTOSIS / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


Fas signaling pathway / SUMO polymer binding / peptidase activator activity involved in apoptotic process / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SUMOylation of transcription cofactors / apoptotic signaling pathway / PML body / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...Fas signaling pathway / SUMO polymer binding / peptidase activator activity involved in apoptotic process / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SUMOylation of transcription cofactors / apoptotic signaling pathway / PML body / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to mechanical stimulus / transcription corepressor activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASP8-associated protein 2 / : / Myb-like DNA-binding domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pulavarti, S. / Sathyamoorthy, B. / Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. ...Pulavarti, S. / Sathyamoorthy, B. / Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of CASP8-associated protein 2 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8150A
著者: Pulavarti, S. / Sathyamoorthy, B. / Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASP8-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2681
ポリマ－8,2681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CASP8-associated protein 2 / FLICE-associated huge protein


分子量: 8267.784 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1916-1982 / 変異: E24V, F36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8AP2, FLASH, KIAA1315, RIP25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q9UKL3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC alipahtic
1313D HNCO
1413D HN(CA)CO
151(4,3)D GFT-HNCACBCA
161(4,3)D GFT-CBCACA(CO)NHN
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D H(CCO)NH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY-ali
11113D (H)CCH-COSY-aro
11212D 1H-15N HSQC (Wide range)
11311D Proton
11413D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
11512D 1H-13C(CT-27ms) HSQC aliphatic
11612D 1H-13C(CT-16ms) HSQC aromatic
11712D 1H-13C HSQC aromatic
11822D 1H-13C(CT-28ms) HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8150A.006, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.17 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR8150A.006, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMHR8150A.006-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %NaN3-21
10 mMDTT-31
5 mMCaCL2-41
100 mMNaCL-51
1 %Proteinase Inhibitors-61
20 mMMES pH 6.5-71
10 %D2O-81
50 uMDSS-91
0.17 mMHR8150A.006-10[U-5% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN3-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCL2-132
100 mMNaCL-142
1 %Proteinase Inhibitors-152
20 mMMES pH 6.5-162
10 %D2O-172
50 uMDSS-182
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PROSAGuntert解析
CSI(CSI) Wishart and Sykessecondary structure information
VnmrJVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: energy minimization
NMR constraintsNOE constraints total: 934 / NOE intraresidue total count: 205 / NOE long range total count: 188 / NOE medium range total count: 279 / NOE sequential total count: 262 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 32
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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