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万見
- PDB-2lqw: Solution structure of phosphorylated CRKL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lqw
タイトルSolution structure of phosphorylated CRKL
要素Crk-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 / SH3 / v-crk sarcoma virus CT10 / oncogene homolog / (avian)-like / pCRKL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glial cell migration / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / chordate pharynx development / extrinsic component of postsynaptic membrane / postsynaptic specialization assembly / urogenital system development / parathyroid gland development / regulation of T cell migration / regulation of dendrite development ...positive regulation of glial cell migration / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / chordate pharynx development / extrinsic component of postsynaptic membrane / postsynaptic specialization assembly / urogenital system development / parathyroid gland development / regulation of T cell migration / regulation of dendrite development / endothelin receptor signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / cranial skeletal system development / reelin-mediated signaling pathway / B cell apoptotic process / MET receptor recycling / cellular response to interleukin-7 / MET activates RAP1 and RAC1 / acetylcholine receptor signaling pathway / anterior/posterior pattern specification / Frs2-mediated activation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / negative regulation of SMAD protein signal transduction / establishment of cell polarity / blood vessel development / regulation of cell adhesion mediated by integrin / dendrite development / positive regulation of Rac protein signal transduction / outflow tract morphogenesis / single fertilization / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / thymus development / hippocampus development / cell chemotaxis / Regulation of signaling by CBL / regulation of cell growth / neuromuscular junction / cerebral cortex development / receptor tyrosine kinase binding / lipid metabolic process / male gonad development / neuron migration / cellular response to xenobiotic stimulus / cell migration / T cell receptor signaling pathway / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / cadherin binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Jankowski, W. / Saleh, T. / Kalodimos, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Domain organization differences explain Bcr-Abl's preference for CrkL over CrkII.
著者: Jankowski, W. / Saleh, T. / Pai, M.T. / Sriram, G. / Birge, R.B. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crk-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8971
ポリマ－33,8971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Crk-like protein


分子量: 33896.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46109
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.3-0.8 mM [U-100% 15N] potassium phosphate, 0.3-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium chloride, 0.3-0.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMpotassium phosphate-1[U-100% 15N]0.3-0.81
mMpotassium chloride-2[U-100% 13C; U-100% 15N]0.3-0.81
mMbeta-mercaptoethanol-3[U-13C; U-15N; U-2H]0.3-0.81
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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