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万見
- PDB-2lpz: Atomic model of the Type-III Secretion System Needle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lpz
タイトルAtomic model of the Type-III Secretion System Needle
要素Protein prgI
キーワードTRANSPORT PROTEIN / type three secretion system / filament / needle / helical assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法個体NMR / Monte Carlo, gradient-based optimization
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Loquet, A. / Sgourakis, N.G. / Gupta, R. / Giller, K. / Riedel, D. / Goosmann, C. / Griesinger, C. / Kolbe, M.G. / Baker, D. / Becker, S. / Lange, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Atomic model of the type III secretion system needle.
著者: Loquet, A. / Sgourakis, N.G. / Gupta, R. / Giller, K. / Riedel, D. / Goosmann, C. / Griesinger, C. / Kolbe, M. / Baker, D. / Becker, S. / Lange, A.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein prgI
B: Protein prgI
C: Protein prgI
D: Protein prgI
E: Protein prgI
F: Protein prgI
G: Protein prgI
H: Protein prgI
I: Protein prgI
J: Protein prgI
K: Protein prgI
L: Protein prgI
M: Protein prgI
N: Protein prgI
O: Protein prgI
P: Protein prgI
Q: Protein prgI
R: Protein prgI
S: Protein prgI
T: Protein prgI
U: Protein prgI
V: Protein prgI
W: Protein prgI
X: Protein prgI
Y: Protein prgI
Z: Protein prgI
a: Protein prgI
b: Protein prgI
c: Protein prgI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,08129
ポリマ－257,08129
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000000target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ...
Protein prgI


分子量: 8864.868 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: prgI, STM2873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P41784

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: Atomic model of the Type III Secretion System Needle
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-13C PAIN-CP
121PDSD
13215N-13C PAIN-CP
142PDSD
15315N-13C PAIN-CP
163PDSD
17415N-13C PAIN-CP
184PDSD

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PrgI protein, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.1 mM [100% 1-13C glucose; U-100% 15N] PrgI protein, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution30.1 mM [100% 2-13C glucose; U-100% 15N] PrgI protein, 90% H2O/10% D2Osample_390% H2O/10% D2O
solution40.1 mM [50% 1-13C glucose; 50% 2-13C glucose; U-100% 15N] PrgI protein, 90% H2O/10% D2Osample_490% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMPrgI protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.1 mMPrgI protein[100% 1-13C glucose; U-100% 15N]2
0.1 mMPrgI protein[100% 2-13C glucose; U-100% 15N]3
0.1 mMPrgI protein[50% 1-13C glucose; 50% 2-13C glucose; U-100% 15N]4
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Rosetta3.4Leaver-Fay, A. et al.structure calculations
CcpNmrCCPNデータ解析
Rosetta3.4Leaver-Fay, A. et al.精密化
精密化手法: Monte Carlo, gradient-based optimization / ソフトェア番号: 3
詳細: Monte-Carlo and gradient-based refinement in torsion angle space of the rigid body, backbone and sidechain degrees of freedom
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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