PDB-2lpu: Solution structures of KmAtg10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lpu

タイトル

Solution structures of KmAtg10

要素

KmAtg10

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Autophagy / E2-like / Atg10 / proteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-like protein transferase activity / phagophore assembly site membrane / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / autophagy / protein transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces marxianus (酵母)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Yamaguchi, M. / Noda, N.N. / Yamamoto, H. / Shima, T. / Kumeta, H. / Kobashigawa, Y. / Akada, R. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural insights into atg10-mediated formation of the autophagy-essential atg12-atg5 conjugate
著者: Yamaguchi, M. / Noda, N.N. / Yamamoto, H. / Shima, T. / Kumeta, H. / Kobashigawa, Y. / Akada, R. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.

履歴

登録	2012年2月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lpu.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lpu.ent.gz	928.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lpu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lpu_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lpu_full_validation.pdf.gz	694.5 KB	表示
XML形式データ	2lpu_validation.xml.gz	94.9 KB	表示
CIF形式データ	2lpu_validation.cif.gz	117.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/2lpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/2lpu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vqiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wu4-7 1wp0-3 6uuf-1 6qgh-d 1wp0-1 2ggt-2 4zvf-d 1iwm-1 3wu6-4 2eve-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18277

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3)

登録構造単位

A: KmAtg10

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	KmAtg10 分子量: 17778.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces marxianus (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W0TH64*PLUS
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. N-TERMINAL RESIDUES GPLGS ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. N-TERMINAL RESIDUES GPLGS ARE CLONING ARTIFACT.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D HNCA
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D HN(CA)HA
1	9	1	3D CBCA(CO)NH
1	10	1	3D HN(CA)CB
1	11	1	3D C(CO)NH
1	12	1	3D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1	13	1	2D (HB)CB(CGCD)HD
1	14	1	2D (HB)CB(CGCDCE)HE
1	15	1	3D (H)CCH-TOCSY aromatic
1	16	1	3D 1H-15N NOESY
1	17	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	18	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KmAtg10-1, 50 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 5 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	KmAtg10-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
50 mM	sodium phosphate-2		1
100 mM	sodium chloride-3		1
5 mM	DTT-4		1

試料状態

イオン強度: 0.15 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Agilent Unity INOVA	Agilent	Unity INOVA	800	1
Agilent Unity INOVA	Agilent	Unity INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	2010.176.13.55	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	3.113	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	3.113	Goddard	peak picking
Sparky	3.113	Goddard	精密化
TALOS+	1.01	Shen, Delaglio, Cornilescu, Bax	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 111 / Protein psi angle constraints total count: 114

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å / 代表コンフォーマー: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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