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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lp9 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Pseudo-triloop from the sub-genomic promoter of Brome Mosaic Virus | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / pseudo-triloop / RNA replication | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | lowest energy, model 1 | ![]() Skov, J. | ![]() ![]() タイトル: The subgenomic promoter of brome mosaic virus folds into a stem-loop structure capped by a pseudo-triloop that is structurally similar to the triloop of the genomic promoter. 著者: Skov, J. / Gaudin, M. / Podbevsek, P. / Olsthoorn, R.C. / Petersen, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 515.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 556.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5122.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 2 mM RNA (5'-R(*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*UP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 65 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 272 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |