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- PDB-2lp4: Solution structure of P1-CheY/P2 complex in bacterial chemotaxis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lp4
タイトルSolution structure of P1-CheY/P2 complex in bacterial chemotaxis
要素
  • Chemotaxis protein CheA
  • Chemotaxis protein CheY
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / Two Component Signaling system / Histidine phosphotransfer domain / Response Regulator / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / bacterial-type flagellum ...negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / bacterial-type flagellum / histidine phosphotransfer kinase activity / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / acetyltransferase activity / establishment of localization in cell / chemotaxis / phosphorylation / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / HPT domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. ...CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / HPT domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheA / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dahlquist, F. / Mo, G. / Zhou, H. / Kamamura, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Solution structure of a complex of the histidine autokinase CheA with its substrate CheY.
著者: Mo, G. / Zhou, H. / Kawamura, T. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheA
Y: Chemotaxis protein CheY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9722
ポリマ－38,9722
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheA


分子量: 24990.848 Da / 分子数: 1 / 断片: 1-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cheA, b1888, JW1877 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07363, histidine kinase
#2: タンパク質 Chemotaxis protein CheY


分子量: 13981.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cheY, b1882, JW1871 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE67
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT SINCE AN E.COLI P1 STRUCTURE IS NOT AVAILABLE, THEIR STARTING STRUCTURE WAS ...THE AUTHOR STATES THAT SINCE AN E.COLI P1 STRUCTURE IS NOT AVAILABLE, THEIR STARTING STRUCTURE WAS GENERATED BY LINKING THE SALMONELLA TYPHIMURIUM P1 (1I5N) AND E. COLI CHEY/P2 (1EAY), AND THEY WERE REFINED USING THE EXPERIMENTAL CONSTRAINTS THEY OBTAINED USING THE E.COLI P1. THE P1 PART OF THE MODELS THEY DEPOSITED, THEREFORE, IS THE SALMONELLA P1, AND THESE CONFLICTS REFLECT THE DIFFERENCES IN SEQUENCE IN SALMONELLA P1 (2LP4) AND E. COLI P1.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 200 mM [U-15N; U-2H] CheY, 3000 mM [U-2H] CheA P1, 250 mM [U-2H] CheA P2, 92% H2O/8% D2O
溶媒系: 92% H2O/8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 mMCheY-1[U-15N; U-2H]1
3000 mMCheA P1-2[U-2H]1
250 mMCheA P2-3[U-2H]1
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ANSIG3.3Kraulischemical shift assignment
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CALCULATION USED X-RAY STRUCTURES SALMONELLA TYPHIMURIUM P1 (1I5N) AND E. COLI CHEY/P2 (1EAY). THEY WERE CONFINED AS RIGID BODIES EXCEPT FOR THE DOMAIN ...詳細: THE AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CALCULATION USED X-RAY STRUCTURES SALMONELLA TYPHIMURIUM P1 (1I5N) AND E. COLI CHEY/P2 (1EAY). THEY WERE CONFINED AS RIGID BODIES EXCEPT FOR THE DOMAIN LINKERS. THE PROGRAM XPLOR-NIH WAS USED TO REFINE THE STRUCTURES.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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