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万見
- PDB-2lo3: Solution structure of Sgf73(59-102) zinc finger domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lo3
タイトルSolution structure of Sgf73(59-102) zinc finger domain
要素SAGA-associated factor 73
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC-FINGER / DEUBIQUITINATION / TRANSCRIPTION FACTOR / SAGA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / enzyme activator activity / chromatin organization ...RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / enzyme activator activity / chromatin organization / protein-containing complex assembly / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Zinc finger domain / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAGA-associated factor 73
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 19
データ登録者Gao, X. / Koehler, C. / Bonnet, J. / Devys, D. / Kieffer, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into the role of SGF11 and SGF73 for the interaction between SAGA and nucleosomes
著者: Koehler, C. / Gao, X. / Bonnet, J. / Devys, D. / Kieffer, B.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8582
ポリマ－4,7921
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SAGA-associated factor 73 / 73 kDa SAGA-associated factor / SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit


分子量: 4792.471 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 59-102 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SGF73, YGL066W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53165
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: First CCHH zinc finger domain of SAGA-associated factor 73
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H TOCSY
1532D 1H-1H COSY
1632D 1H-1H TOCSY
1722D 1H-13C HSQC aliphatic
1823D CBCA(CO)NH
1923D HNCO
11023D HNCA
11123D HN(CA)CB
11223D (H)CCH-TOCSY
11323D HN(CA)CO
11423D HN(CO)CA
11522D 1H-1H NOESY
11622D 1H-15N HSQC R1 edited
11722D 1H-15N HSQC R2 edited
11822D 1H-15N heteronuclear NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] sgf73, 20 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMsgf73-1[U-98% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
0.05 mMTCEP-41
10 %D2O-51
1 mMsgf73-6[U-99% 13C; U-98% 15N]2
20 mMsodium phosphate-72
75 mMsodium chloride-82
1 mMDTT-92
10 %D2O-102
0.2 mMsgf73-11[U-98% 15N]3
50 mMsodium phosphate-123
100 mMsodium chloride-133
0.05 mMTCEP-143
100 %D2O-153
試料状態イオン強度: 0.175 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD scripts
NMR constraintsNOE constraints total: 752 / NOE intraresidue total count: 459 / NOE long range total count: 98 / NOE medium range total count: 48 / NOE sequential total count: 147 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 36 / Protein psi angle constraints total count: 36
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.11 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.2 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.34 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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