PDB-2l70: NMR solution structure of GIP in micellular media

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l70

タイトル

NMR solution structure of GIP in micellular media

要素

Gastric inhibitory polypeptide

キーワード

HORMONE / GIP / Docking / Ala-scan / Type 2 diabetes

機能・相同性

機能・相同性情報

gastric inhibitory polypeptide receptor binding / digestive system development / gastric inhibitory peptide signaling pathway / glucagon receptor binding / regulation of fatty acid biosynthetic process / endocrine pancreas development / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to selenium ion / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / triglyceride homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Venneti, K.C. / Alana, I. / O'Harte, F.P.M. / Malthouse, P.J.G. / Hewage, C.M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Conformational, receptor interaction and alanine scan studies of glucose-dependent insulinotropic polypeptide
著者: Venneti, K.C. / Malthouse, J.P.G. / O'Harte, F.P.M. / Hewage, C.M.

履歴

登録	2010年12月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l70.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l70.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/2l70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/2l70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2l71C 1t5q 2b4n 2obu C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2laq-d 1ijp-d 2e5u-d 1goe-d 2obu-d 2mvn-d 1vpc-d 2kdt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17330

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (8) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gastric inhibitory polypeptide

4.99 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Gastric inhibitory polypeptide / GIP / Glucose-dependent insulinotropic polypeptide 分子量: 4990.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: synthesized on a peptide synthesizer using standard solid-phase Fmoc procedure 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09681

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 150mM DHPC; 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 150 mM / 構成要素: DHPC-1
試料状態	pH: 3.9 / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	900	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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