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万見
- PDB-2lnh: Enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) exploits a tryptophan switch to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnh
タイトルEnterohaemorrhagic E. coli (EHEC) exploits a tryptophan switch to hijack host F-actin assembly
要素
  • Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1
  • Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein
  • Secreted effector protein EspF(U)
キーワードSignaling Protein/Protein Binding / Protein complex / Signaling Protein-Protein Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of membrane tubulation / spindle localization / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of lymphocyte migration / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / GTPase regulator activity / actin cap / vesicle organization / plasma membrane organization / actin crosslink formation ...negative regulation of membrane tubulation / spindle localization / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of lymphocyte migration / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / GTPase regulator activity / actin cap / vesicle organization / plasma membrane organization / actin crosslink formation / vesicle transport along actin filament / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / vesicle budding from membrane / actin polymerization or depolymerization / dendritic spine morphogenesis / protein-containing complex localization / RHOF GTPase cycle / proline-rich region binding / Nephrin family interactions / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of filopodium assembly / regulation of postsynapse organization / positive regulation of actin filament polymerization / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / actin filament bundle assembly / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / adherens junction / response to bacterium / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / endocytic vesicle membrane / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of protein localization / Clathrin-mediated endocytosis / actin binding / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / host cell cytoplasm / cytoskeleton / cell division / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TccP2/EspF(U)-like / Type III secretion protein EspF / I-BAR domain containing protein IRTKS / IRTKS, SH3 domain / TccP2/EspF(U)-like superfamily / EspF protein repeat / SerineThreonine-protein kinase PAK-alpha; Chain A / CRIB domain / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain ...TccP2/EspF(U)-like / Type III secretion protein EspF / I-BAR domain containing protein IRTKS / IRTKS, SH3 domain / TccP2/EspF(U)-like superfamily / EspF protein repeat / SerineThreonine-protein kinase PAK-alpha; Chain A / CRIB domain / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / Actin nucleation-promoting factor WAS, C-terminal / WASP family, EVH1 domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / WH2 domain / WH2 domain profile. / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin nucleation-promoting factor WASL / Secreted effector protein EspF(U) / BAR/IMD domain-containing adapter protein 2-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Aitio, O. / Hellman, M. / Skehan, B. / Kesti, T. / Leong, J.M. / Saksela, K. / Permi, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Enterohaemorrhagic Escherichia coli exploits a tryptophan switch to hijack host f-actin assembly.
著者: Aitio, O. / Hellman, M. / Skehan, B. / Kesti, T. / Leong, J.M. / Saksela, K. / Permi, P.
履歴
登録2011年12月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein
B: Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1
C: Secreted effector protein EspF(U)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1243
ポリマ－20,1243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein / N-WASP


分子量: 7262.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 207-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WASL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00401
#2: タンパク質 Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1 / BAI1-associated protein 2-like protein 1 / Insulin receptor tyrosine kinase substrate


分子量: 7559.607 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain residues 339-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAIAP2L1, IRTKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UHR4
#3: タンパク質・ペプチド Secreted effector protein EspF(U) / EspF-like protein encoded on prophage U / Tir-cytoskeleton coupling protein TccP


分子量: 5301.970 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 221-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: espF(U), tccP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DJ89

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1522D 1H-13C HSQC
1632D 1H-13C HSQC
1713D HN(CA)CB
1823D HN(CA)CB
1933D HN(CA)CB
11013D CBCA(CO)NH
11123D CBCA(CO)NH
11233D CBCA(CO)NH
11313D HBHA(CO)NH
11423D HBHA(CO)NH
11533D HBHA(CO)NH
11613D C(CO)NH
11723D C(CO)NH
11833D C(CO)NH
11913D H(CCO)NH
12023D H(CCO)NH
12133D H(CCO)NH
12213D (H)CCH-COSY
12323D (H)CCH-COSY
12433D (H)CCH-COSY
12513D 1H-15N NOESY
12623D 1H-15N NOESY
12733D 1H-15N NOESY
12813D 1H-13C NOESY
12923D 1H-13C NOESY
13033D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein_1, 0.3 mM protein_2, 0.3 mM protein_3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.5 mM protein_1, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein_2, 0.5 mM protein_3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.5 mM protein_1, 0.5 mM protein_2, 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein_3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMentity_1-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.3 mMentity_2-21
0.3 mMentity_3-31
0.5 mMentity_1-42
0.5 mMentity_2-5[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.5 mMentity_3-62
0.5 mMentity_1-73
0.5 mMentity_2-83
0.5 mMentity_3-9[U-98% 13C; U-98% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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