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- PDB-2lm0: Solution structure of the AF4-AF9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lm0
タイトルSolution structure of the AF4-AF9 complex
要素AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Intrinsically Disordered
機能・相同性
機能・相同性情報


super elongation complex / modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex ...super elongation complex / modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / : / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / regulation of gene expression / gene expression / molecular adaptor activity / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #290 / AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #290 / AF4/FMR2 family / AF4 interaction motif / AF4/FMR2, C-terminal homology domain / AF-4 proto-oncoprotein N-terminal region / AF4 interaction motif / AFF4, C-terminal homology domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / AF4/FMR2 family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Leach, B.I. / Kuntimaddi, A. / Schmidt, C.R. / Cierpicki, T. / Johnson, S.A. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Leukemia Fusion Target AF9 Is an Intrinsically Disordered Transcriptional Regulator that Recruits Multiple Partners via Coupled Folding and Binding.
著者: Leach, B.I. / Kuntimaddi, A. / Schmidt, C.R. / Cierpicki, T. / Johnson, S.A. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3411
ポリマ－14,3411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera / ALL1-fused gene from chromosome 4 protein / Protein AF-4 / Protein FEL / Proto-oncogene AF4 / ALL1- ...ALL1-fused gene from chromosome 4 protein / Protein AF-4 / Protein FEL / Proto-oncogene AF4 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 14340.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 738-779, UNP residues 490-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Thioredoxin coding region removed by Nde1 cleavage / 遺伝子: AFF1, AF4, FEL, MLLT2, PBM1, MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 DE3 / 参照: UniProt: P51825, UniProt: P42568

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Solution structure of the AF9 AHD fused to AF4
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D (H)CCH-TOCSY
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1823D 1H-13C NOESY
1922D 1H-15N HSQC
11033D HNCO IPAP
11143D HNCO IPAP
11243D HNCO IPAP
11343D HNCO IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
19.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
215.8 mM MES, 9.3 mM Bis-Tris, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
39.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylic acid, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
49.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylamide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
9.3 mMBis-Tris-11
15.8 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
5 %D2O-5D-99%1
400 uMProtein-6[U-100% 13C; U-100% 15N]1
15.8 mMMES-72
9.3 mMBis-Tris-82
100 mMsodium chloride-92
1 mMDTT-102
5 %D2O-11D-99%2
2 mMprotein-12[U-100% 13C; U-100% 15N]2
9.3 mMBis-Tris-133
15.8 mMMES-143
100 mMsodium chloride-153
1 mMDTT-163
5 %D2O-17D-99%3
400 uMProtein-18[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3.5 %(3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride-193
3.5 %acrylic acid-203
9.3 mMBis-Tris-214
15.8 mMMES-224
100 mMsodium chloride-234
1 mMDTT-244
5 %D2O-25D-99%4
400 uMProtein-26[U-100% 13C; U-100% 15N]4
3.5 %(3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride-274
3.5 %acrylamide-284
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker US2BrukerUS28002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.27Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
XPLOR-NIH2.27Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Simulated annealing with RDCs
NMR constraintsNOE constraints total: 2168 / NOE intraresidue total count: 1042 / NOE long range total count: 306 / NOE medium range total count: 291 / NOE sequential total count: 529 / Protein phi angle constraints total count: 59 / Protein psi angle constraints total count: 57
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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