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万見
- PDB-2llv: Solution structure of the yeast Sti1 DP1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2llv
タイトルSolution structure of the yeast Sti1 DP1 domain
要素Heat shock protein STI1
キーワードCHAPERONE / DP domain / Alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


RND1 GTPase cycle / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ATPase inhibitor activity / protein targeting to mitochondrion / Hsp70 protein binding / Hsp90 protein binding / protein localization / protein folding / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #100 / STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Tetratricopeptide repeat ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #100 / STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein STI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Schmid, A.B. / Lagleder, S. / Graewert, M.A. / Roehl, A. / Hagn, F. / Wandinger, S.K. / Cox, M.B. / Demmer, O. / Richter, K. / Groll, M. ...Schmid, A.B. / Lagleder, S. / Graewert, M.A. / Roehl, A. / Hagn, F. / Wandinger, S.K. / Cox, M.B. / Demmer, O. / Richter, K. / Groll, M. / Kessler, H. / Buchner, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: The architecture of functional modules in the Hsp90 co-chaperone Sti1/Hop.
著者: Schmid, A.B. / Lagleder, S. / Grawert, M.A. / Rohl, A. / Hagn, F. / Wandinger, S.K. / Cox, M.B. / Demmer, O. / Richter, K. / Groll, M. / Kessler, H. / Buchner, J.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein STI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9351
ポリマ－7,9351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein STI1


分子量: 7935.260 Da / 分子数: 1 / 断片: STI1 1 domain residues 127-197 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OR26.17, STI1, YOR027W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P15705

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1422D 1H-1H NOESY
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D HN(CO)CA
1813D HNCA
1913D CBCA(CO)NH
11013D HN(CA)CB
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-COSY
11313D C(CO)NH
11413D HNHA
11513D HNHB
11613D 1H-13C NOESY
11733D 1H-15N NOESY
11813D CNH NOESY
11913D CCH NOESY
12033D NNH NOESY
12112D (HB)CB(CGCD)HD
12212D (HB)CB(CGCDCE)HE
12332D 1H-15N HSQC-IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DP1, 50 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 0.2 w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM DP1, 50 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 0.2 w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM [U-99% 15N] DP1, 50 mM potassium chloride, 50 mM potassium phosphate, 0.2 w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDP1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.5-31
50 mMpotassium chloride-21
50 mMpotassium phosphate-31
0.2 w/vsodium azide-41
0.5 mMDP1-52
50 mMpotassium chloride-62
50 mMpotassium phosphate-72
0.2 w/vsodium azide-82
0.5 mMDP1-9[U-99% 15N]3
50 mMpotassium chloride-103
50 mMpotassium phosphate-113
0.2 w/vsodium azide-123
試料状態イオン強度: 0.35 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DMXBrukerDMX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
ProcheckNMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thoデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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