PDB-3uq3: TPR2AB-domain:pHSP90-complex of yeast Sti1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uq3

タイトル

TPR2AB-domain:pHSP90-complex of yeast Sti1

要素

Heat shock protein
Heat shock protein STI1

キーワード

CHAPERONE / Hsp90 / peptide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RND1 GTPase cycle / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ATPase inhibitor activity / protein targeting to mitochondrion / Hsp70 protein binding / Hsp90 protein binding / intracellular protein localization / protein folding / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schmid, A.B. / Lagleder, S. / Graewert, M.A. / Roehl, A. / Hagn, F. / Wandinger, S.K. / Cox, M.B. / Demmer, O. / Richter, K. / Groll, M. ...

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: The architecture of functional modules in the Hsp90 co-chaperone Sti1/Hop.
著者: Schmid, A.B. / Lagleder, S. / Grawert, M.A. / Rohl, A. / Hagn, F. / Wandinger, S.K. / Cox, M.B. / Demmer, O. / Richter, K. / Groll, M. / Kessler, H. / Buchner, J.

履歴

登録	2011年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uq3.cif.gz	122.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uq3.ent.gz	96 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/3uq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/3uq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2llvC 2llwC 3upvC 1elrS 3esk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ygl-1 5ail-d 1jjt-d 4kf5-2 4d60-7 3co7-d 187 1jje-d 4kf5-1 4d60-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Heat shock protein STI1

B: Heat shock protein

C: Heat shock protein

30.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.191, 62.897, 66.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The AU contains one biological assembly

#1: タンパク質	Heat shock protein STI1 分子量: 29344.836 Da / 分子数: 1 / 断片: TPR repeats 4-9, residues 262-515 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: STI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Codon Plus / 参照: UniProt: P15705
#2: タンパク質・ペプチド	Heat shock protein 分子量: 621.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in yeast - C-terminus of HSP90. 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.2 M TMAO, 0.1 M Tris, 20% PEG 2000 MME, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月14日
放射	モノクロメーター: graphite monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 18105 / Num. obs: 17924 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.26
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM2		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PROTEUM2		データ削減
PROTEUM2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ELR

1elr

解像度: 2.6→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 29.877 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27854	545	5 %	RANDOM
R_work	0.21719	-	-	-
obs	0.22027	17480	97.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.04 Å²	0 Å²	1.2 Å²
2-	-	-2.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	0	52	2184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.979	1.959	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.729	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.905	24.779	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.226	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.047	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.915	1.5	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.608	2	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.242	3	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.138	4.5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.281	3	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	45.899	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.633	5	2169

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	37	-
R_work	0.286	683	-
obs	-	-	97.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.103	0.4675	-4.594	3.7267	-0.6093	11.1543	0.0386	0.0619	0.2843	-0.3794	-0.2319	0.1227	-0.2658	-0.3878	0.1933	0.0775	0.0721	-0.0156	0.0977	0.0207	0.0743	2.3869	2.0981	-8.1321
2	4.4818	-1.3185	-1.7439	5.8117	-0.8636	3.4462	-0.0442	-0.2224	0.0642	0.3135	0.0427	-0.2005	0.0833	-0.306	0.0016	0.0301	-0.0172	-0.0172	0.0957	0.0206	0.0637	5.8809	0.0967	0.6519
3	9.0358	-4.0987	-0.2978	3.2093	4.3964	13.8002	0.249	0.0664	0.8835	-0.2437	-0.0948	-0.5679	-0.4581	-0.1498	-0.1541	0.0454	0.0386	0.0286	0.1458	0.144	0.5394	17.5816	-2.9638	-9.9595
4	4.6799	-0.4734	-6.2376	6.6111	-1.4394	9.5272	-0.1114	-0.417	0.1559	0.7399	0.0927	-0.2801	-0.0909	0.3745	0.0187	0.1261	0.0664	-0.0612	0.219	0.0145	0.1852	12.6261	-8.0313	6.0967
5	2.0819	-2.6193	0.932	4.5954	0.3713	2.2512	-0.1266	-0.2494	-0.0437	0.5735	0.2485	-0.0511	0.4023	-0.2058	-0.1219	0.14	0.0078	-0.05	0.1365	0.0442	0.0984	11.8267	-13.2517	-0.5181
6	6.5025	-1.2967	-0.1169	6.0495	-0.7088	4.0547	-0.0167	-0.0839	0.072	-0.1405	-0.1705	-0.5159	0.3004	0.5137	0.1872	0.0402	0.0559	-0.0277	0.0845	-0.0184	0.1935	20.4227	-16.4387	-3.8289
7	9.1498	-2.3519	-3.116	0.8576	1.1025	5.9647	-0.1429	0.4998	-0.3275	-0.1154	-0.1774	-0.114	0.9554	-0.0895	0.3203	0.4772	0.092	0.1051	0.1153	-0.0156	0.3402	18.7883	-24.2123	-9.2837
8	5.6761	-3.6539	-1.7418	9.3636	2.0389	3.6757	0.0953	-0.1977	0.2254	-0.142	0.1167	-0.5032	-0.3888	0.4111	-0.212	0.1745	0.0328	-0.0029	0.1556	0.0244	0.1225	45.1834	-27.4346	-16.2747
9	8.6126	4.2623	-3.6004	21.0184	4.1982	5.5084	-0.1653	-0.4339	0.2067	0.0264	0.3947	-1.2914	-0.2463	0.7877	-0.2293	0.2069	0.0788	-0.116	0.2639	-0.0098	0.2634	52.6238	-44.1916	-13.4876
10	3.4428	-2.1773	1.364	6.5854	1.177	1.5998	-0.0162	-0.1521	0.093	0.178	-0.1246	0.2066	0.0697	-0.0284	0.1407	0.0384	0.0233	0.018	0.0889	-0.0078	0.019	43.5814	-38.8512	-18.6672
11	4.7315	0.1676	0.3024	5.7447	0.2471	1.6997	-0.1583	0.0162	0.1138	-0.5938	0.2604	0.3678	0.2599	-0.3142	-0.1021	0.1916	-0.0423	-0.0218	0.1517	0.0103	0.1138	39.8793	-46.3054	-27.3068
12	5.4414	0.5836	-1.7969	8.6108	-1.9629	5.8684	-0.0552	0.467	0.0236	-0.5786	0.1414	-0.0038	-0.041	-0.1596	-0.0862	0.2422	-0.0821	0.0129	0.1523	-0.0686	0.1079	43.6422	-51.0123	-37.4063
13	32.9394	4.0491	-3.214	28.2937	-7.7907	5.9741	-0.1026	0.7893	-1.1415	-0.662	-0.2301	0.4217	0.3566	-1.0996	0.3326	0.4412	-0.076	-0.0314	0.3967	-0.0735	0.2145	43.1059	-61.9242	-36.0795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	258 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	284 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	305 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	313 - 332
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	333 - 343
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	344 - 366
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	367 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	385 - 401
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	402 - 414
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	415 - 443
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	444 - 477
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	478 - 509
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	510 - 515

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)