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万見
- PDB-2lls: solution structure of human apo-S100A1 C85M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lls
タイトルsolution structure of human apo-S100A1 C85M
要素Protein S100-A1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100 protein family / calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / M band / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / sarcoplasmic reticulum ...Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / M band / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / sarcoplasmic reticulum / vasodilation / Z disc / calcium-dependent protein binding / ER-Phagosome pathway / ATPase binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 19
データ登録者Budzinska, M. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Zdanowski, K. / Zhukov, I. / Bierzynski, A. / Ejchart, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Chemical Shift Assignments and solution structure of human apo-S100A1 C85M mutant
著者: Budzinska, M. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Zdanowski, K. / Zhukov, I. / Bierzynski, A. / Ejchart, A.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A1
B: Protein S100-A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9072
ポリマ－20,9072
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A1 / S-100 protein alpha chain / S-100 protein subunit alpha / S100 calcium-binding protein A1


分子量: 10453.641 Da / 分子数: 2 / 変異: C85M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A1, S100A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23297

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC NH2 only
2322D 1H-13C HSQC aliphatic
2422D 1H-13C HSQC aromatic
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D HN(CO)CA
11013D HBHA(CO)NH
21123D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
21323D 1H-13C NOESY aliphatic
21423D 1H-13C NOESY aromatic
11532D 1H-15N heteronuclear NOE
11632D 1H-15N heteronuclear NOE
11732D 1H-15N heteronuclear NOE
11832D 1H-15N T1 relaxation
11932D 1H-15N T1 relaxation
12032D 1H-15N T1 relaxation
12132D 1H-15N T2 relaxation
12232D 1H-15N T2 relaxation
12332D 1H-15N T2 relaxation

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM TRIS-d11, 10 % D2O, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] S100A1C85M, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM TRIS-d11, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] S100A1C85M, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
350 mM TRIS-d11, 10 % D2O, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-99% 15N] S100A1C85M, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMTRIS-d11-11
10 %D2O-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMS100A1C85M-4[U-99% 13C; U-99% 15N]1
90 %H2O-51
50 mMTRIS-d11-62
50 mMsodium chloride-72
1 mMS100A1C85M-8[U-99% 13C; U-99% 15N]2
100 %D2O-92
50 mMTRIS-d11-103
10 %D2O-113
50 mMsodium chloride-123
1 mMS100A1C85M-13[U-99% 15N]3
90 %H2O-143
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.8ambient 310 K
2507.2ambient 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA4001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System7003
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichconstraints assignments
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
MARSJung, Zweckstetterautomated chemical shift assignments
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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