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万見
- PDB-2lle: Computational design of an eight-stranded (beta/alpha)-barrel fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lle
タイトルComputational design of an eight-stranded (beta/alpha)-barrel from fragments of different folds
要素Chemotaxis protein CheY, Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF chimera
キーワードLYASE / (beta/alpha)8-barrel / TIM-barrel / Chimeric protein / Computationally designed protein
機能・相同性
機能・相同性情報


imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / L-histidine biosynthetic process / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / : / Ribulose-phosphate binding barrel / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Histidine biosynthesis, HisF / : / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / : / Ribulose-phosphate binding barrel / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Coles, M. / Truffault, V. / Eisenbeis, S. / Proffitt, W. / Meiler, J. / Hocker, B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Potential of fragment recombination for rational design of proteins.
著者: Eisenbeis, S. / Proffitt, W. / Coles, M. / Truffault, V. / Shanmugaratnam, S. / Meiler, J. / Hocker, B.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein CheY, Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6081
ポリマ－25,6081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY, Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF chimera / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF


分子量: 25607.604 Da / 分子数: 1 / 変異: R4I, D78G, I95L, L201A,V213G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: cheY, TM_0700, hisF, TM_1036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q56312, UniProt: Q9X0C6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HNCO
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D C(CO)NH
1523D CCH-TOCSY
1623D CCH-COSY
1722D PLUSH-TACSY
1813D HNHA
1913D HNHB
11013D 1H-15N NOESY
11123D 1H-13C NOESY
11223D CNH-NOESY
11323D CCH-NOESY
11413D NNH-NOESY
11512D 15N-filtered 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCheYHisF-sfr_RM-1[U-100% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
300 mMpotassium chloride-31
0.5 mMCheYHisF-sfr_RM-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-52
300 mMpotassium chloride-62
試料状態イオン強度: 350 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Non-bonded function including Ramachandran database potential
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 128 / Protein other angle constraints total count: 44 / Protein phi angle constraints total count: 225 / Protein psi angle constraints total count: 224
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 17 / Maximum lower distance constraint violation: 0.04 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.11 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.011 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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