PDB-2ljp: Backbone 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for E.coli R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ljp

タイトル

Backbone 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for E.coli Ribonuclease P protein

要素

Ribonuclease P protein component

キーワード

HYDROLASE / RNaseP / C5 / ribonuclease P / Ribozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / RNA processing / tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Shin, J. / Kim, K. / Ryu, K. / Han, K. / Lee, Y. / Choi, B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of Escherichia coli C5 protein
著者: Shin, J. / Kim, K. / Ryu, K. / Han, K. / Lee, Y. / Choi, B.

履歴

登録	2011年9月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ljp.cif.gz	865.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ljp.ent.gz	733.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ljp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ljp_validation.pdf.gz	485.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ljp_full_validation.pdf.gz	699.7 KB	表示
XML形式データ	2ljp_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	2ljp_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2ljp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2ljp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ggz-1 6ppa-d 6s3y-9 6v1h-d 5eic-2 6s4s-10 4tu6-4 1i9d-d 4ffe-3 6v1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17952

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (6) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease P protein component

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Ribonuclease P protein component / RNase P protein / RNaseP protein / Protein C5 分子量: 13818.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rnpA, b3704, JW3681 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Y8, ribonuclease P

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D (H)CCH-COSY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	11	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.8 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] E.coli Ribonuclease P protein-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.8 mM / 構成要素: E.coli Ribonuclease P protein-1 / Isotopic labeling: [U-95% 13C; U-95% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.2 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
Sparky		Goddard	データ解析
CNS	1.21		精密化
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 84 / Protein psi angle constraints total count: 84

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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