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- PDB-2ljj: The structure of subdomain IV-B from the CVB-3 IRES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ljj
タイトルThe structure of subdomain IV-B from the CVB-3 IRES
要素IV-B RNA
キーワードRNA / hairpin / Coxsackievirus B3 / Internal Ribosomal Entry Site
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Ihle, Y. / Zell, R. / Goerlach, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Subdomain IV-B from the CVB-3 IRES
著者: Ihle, Y.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IV-B RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6001
ポリマ－8,6001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 IV-B RNA


分子量: 8600.159 Da / 分子数: 1 / 断片: subdomain IV-B / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription, T7 RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H15N-NOESY-HSQC
1212D TOCSY
2312D HNN-COSY
1412D 1H1H-NOESY WATERGATE
2512D 1H1H-NOESY WATERGATE
1612D 1H-1H NOESY
1712D 15N-HSQC imino
2812D 15N-HSQC imino
1912D 15N-HSQC amino
21012D 15N-HSQC amino
21123D (H)CCH-TOCSY
21223D (H)CCH-COSY
21323D 1H13C-NOESY-HSQC aro
21423D 1H13C-NOESY-HSQC ali
21522D HcN ali
21622D HcN aro
21722D (H)CCH-TOCSY ADE
21822D H5(c5c4n)H ura
11922D H5(c5c4n)H cyt
22022D 13C-HSQC-CT ali
22122D 13C-HSQC-CT aro
22221D 31P
22333D (H)CCH-TOCSY
22433D (H)CCH-COSY
22533D 1H1H13C-NOESY-HSQC 13C-filtered
22633D 1H13C-NOESY-HSQC aro
22733D 1H13C-NOESY-HSQC ali
22832D 13C-HSQC ali
22932D 13C-HSQC aro
23043D (H)CCH-TOCSY
23143D (H)CCH-COSY
23243D 1H1H13C-NOESY-HSQC 13C-filtered
23343D 1H13C-NOESY-HSQC aro
23443D 1H13C-NOESY-HSQC ali
23542D TOCSY(HSQC)
23642D HcN ali
23742D 1H-1H NOESY
13842D 13C-HSQC ali
23942D 13C-HSQC ali
14042D 13C-HSQC aro
24142D 13C-HSQC aro

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] IV-B RNA, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 200 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IV-B RNA, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 200 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-13C; U-15N]-Gua,Ura IV-B RNA, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 200 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt IV-B RNA, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 200 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMIV-B RNA-1[U-100% 15N]1
10 mMpotassium phosphate-21
40 mMpotassium chloride-31
200 uMEDTA-41
1 mMIV-B RNA-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMpotassium phosphate-62
40 mMpotassium chloride-72
200 uMEDTA-82
1 mMIV-B RNA-9[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt3
10 mMpotassium phosphate-103
40 mMpotassium chloride-113
200 uMEDTA-123
1 mMIV-B RNA-13[U-13C; U-15N]-Gua,Ura4
10 mMpotassium phosphate-144
40 mMpotassium chloride-154
200 uMEDTA-164
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.2ambient 283 K
2506.2ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA1.5.5Rochus Kellerchemical shift assignment
CARA1.5.5Rochus Kellerpeak picking
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 26 / NA beta-angle constraints total count: 26 / NA chi-angle constraints total count: 27 / NA delta-angle constraints total count: 27 / NA epsilon-angle constraints total count: 26 / NA gamma-angle constraints total count: 27 / NA other-angle constraints total count: 79 / NA sugar pucker constraints total count: 19 / NOE constraints total: 792 / NOE intraresidue total count: 364 / NOE long range total count: 82 / NOE medium range total count: 14 / NOE sequential total count: 332 / Hydrogen bond constraints total count: 76
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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