PDB-2lj7: 3D solution structure of plant defensin Lc-def

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lj7

タイトル

3D solution structure of plant defensin Lc-def

要素

Defensin Lc-def

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lens culinaris subsp. culinaris (マメ科)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Shenkarev, Z. / Mineev, K. / Gizatullina, A.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Heterologous expression and solution structure of defensin from lentil Lens culinaris.
著者: Shenkarev, Z.O. / Gizatullina, A.K. / Finkina, E.I. / Alekseeva, E.A. / Balandin, S.V. / Mineev, K.S. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.

履歴

登録	2011年9月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lj7.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lj7.ent.gz	238.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lj7_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lj7_full_validation.pdf.gz	623.1 KB	表示
XML形式データ	2lj7_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	2lj7_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2lj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2lj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1n4n-d 4aaz-2 6jwe-d 6h3m-4 2oei-d 2laz-d 2lep-d 6gv7-d 4aaz-1 1d2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17923

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Defensin Lc-def

5.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Defensin Lc-def 分子量: 5460.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lens culinaris subsp. culinaris (マメ科) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3F051
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	2	3D HNHA
1	6	2	3D HNHB
1	7	2	3D 1H-15N NOESY
1	8	2	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM Lc-def, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.5 mM [U-100% 15N] Lc-def, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	Lc-def-1		1
0.5 mM	Lc-def-2	[U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
XEASY	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
XEASY	Keller and Wuthrich	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 399 / NOE intraresidue total count: 182 / NOE long range total count: 104 / NOE medium range total count: 29 / NOE sequential total count: 94

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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