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万見
- PDB-2lj6: Solution Structure and DNA-binding Properties of the Phosphoester... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lj6
タイトルSolution Structure and DNA-binding Properties of the Phosphoesterase Domain of DNA Ligase D
要素Probable ATP-dependent DNA ligase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PHOSPHOESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region ...DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional non-homologous end joining protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 3
データ登録者Dutta, K. / Natarajan, A. / Shuman, S. / Ghose, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Solution structure and DNA-binding properties of the phosphoesterase domain of DNA ligase D.
著者: Natarajan, A. / Dutta, K. / Temel, D.B. / Nair, P.A. / Shuman, S. / Ghose, R.
履歴
登録2011年9月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent DNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2581
ポリマ－20,2581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 2048structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent DNA ligase


分子量: 20257.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1X7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1433D HN(CA)CB
1533D HNCO
1633D HNCA
1733D TROSY
1833D HN(COCA)CB
1933D HN(CO)CA
11033D HN(CA)CO
11123D CC(CO)NH
11223D H(CCO)NH
11323D HBHA(CO)NH
11423D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY aliphatic
11623D 1H-13C NOESY aromatic
NMR実験の詳細Text: All Backbone experiments were TROSY based

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 uM [U-100% 15N] Pae177, 10 % D20, 90 % H20, 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Pae177, 10 % D20, 90 % H20, 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3300 uM [U-13C; U-15N; U-2H] Pae177, 10 % D20, 90 % H20, 50 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMPae177-1[U-100% 15N]1
10 %D20-21
90 %H20-31
50 mMBis-Tris-41
200 mMNaCl-51
5 mMDTT-61
300 uMPae177-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 %D20-82
90 %H20-92
50 mMBis-Tris-102
200 mMNaCl-112
5 mMDTT-122
300 uMPae177-13[U-13C; U-15N; U-2H]3
10 %D20-143
90 %H20-153
50 mMBis-Tris-163
200 mMNaCl-173
5 mMDTT-183
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRView8.1.27Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2080 / NOE intraresidue total count: 488 / NOE long range total count: 419 / NOE medium range total count: 53 / NOE sequential total count: 153
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 2048 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum upper distance constraint violation: 5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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