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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2liy | ||||||
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タイトル | Plant peptide hormone regulating stomatal density | ||||||
![]() | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 9 | ||||||
![]() | HORMONE / Plant peptide hormone / EPFL family / stomatal density / positive regulator | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of stomatal complex development / positive regulation of stomatal complex development / guard cell differentiation / stomatal complex patterning / stomatal complex development / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding / cell-cell signaling / signaling receptor binding / protein kinase binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model 1 | ||||||
![]() | Ohki, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The NMR structure of stomagen reveals the basis of stomatal density regulation by plant peptide hormones 著者: Ohki, S. / Takeuchi, M. / Mori, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 273.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 534.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5130.784 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-102 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: EPFL9 / Cell (発現宿主): BY-2 / 発現宿主: ![]() |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D2O-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.5 mM / 構成要素: D2O-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software | 名称: CNS / 開発者: Brunger A.T. et.al. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
NMR constraints | NOE constraints total: 666 / NOE intraresidue total count: 352 / NOE long range total count: 110 / NOE medium range total count: 54 / NOE sequential total count: 140 |
代表構造 | 選択基準: closest to the average |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 96 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |