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- PDB-6jk2: Crystal structure of a mini fungal lectin, PhoSL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jk2
タイトルCrystal structure of a mini fungal lectin, PhoSL
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PhoSL / core-fucosylated chitobiose
機能・相同性metal ion binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Lou, Y.C. / Chou, C.C. / Yeh, H.H. / Chien, C.Y. / Sushant, S. / Chen, C. / Hsu, C.H.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the role of N-terminal integrity in PhoSL for core-fucosylated N-glycan recognition.
著者: Lou, Y.C. / Tu, C.F. / Chou, C.C. / Yeh, H.H. / Chien, C.Y. / Sadotra, S. / Chen, C. / Yang, R.B. / Hsu, C.H.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月24日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6443
ポリマ－4,4521
非ポリマー1922
水77543
1
A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9329
ポリマ－13,3563
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area6770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.475, 42.475, 37.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lectin


分子量: 4451.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEU4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 30% w/v Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→30 Å / Num. obs: 17498 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 21.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 77.87
反射 シェル解像度: 1.06→1.1 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 14.41 / Num. unique obs: 1685 / CC1/2: 0.993 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→21.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.504 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15798 895 5.1 %RANDOM
Rwork0.13577 ---
obs0.13695 16487 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.7 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.09 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→21.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数314 0 10 43 367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.013333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.653459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5611.598640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.555539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.64223.12516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.251542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.267151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0321.572159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9981.558157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4622.362197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4492.36197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9411.837174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8891.804166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.452.642250
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.81119.645364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.47818.629351
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.7223610
LS精密化 シェル解像度: 1.062→1.089 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.145 47 -
Rwork0.163 1156 -
obs--91.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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