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- PDB-2lis: HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE RED ABALONE LYSIN MONOMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lis
タイトルHIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE RED ABALONE LYSIN MONOMER
要素SPERM LYSIN
キーワードCELL ADHESION / ABALONE LYSIN / FERTILIZATION PROTEIN / GAMETE RECOGNITION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal lumen / single fertilization
類似検索 - 分子機能
Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / Lysin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haliotis rufescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: 1.35 and 2.07 A resolution structures of the red abalone sperm lysin monomer and dimer reveal features involved in receptor binding.
著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
履歴
登録1999年4月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPERM LYSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2951
ポリマ－16,2951
非ポリマー00
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.410, 45.310, 81.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPERM LYSIN


分子量: 16295.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / Cell: SPERM / 器官: GONAD / Organelle: ACROSOME GRANULE / 参照: UniProt: P04552
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
解説: STRUCTURE WAS REFINED BY PHASE EXTENSION USING 1.9 A STRUCTURE OF RED ABALONE LYSIN MONOMER AS A STARTING POINT
結晶化pH: 9.5
詳細: 1.26 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM CHESS PH 9.5, 200 MM NACL, pH 9.50
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
30.1 %(w/v)1dropNaN3
40.75 Mammonium sulfate1reservoir
520 mM1reservoirNH4SCN
652.5 mMsodium citrate/boric acid/citric acid1reservoir
70.1 mMEDTA1reservoir
80.02 %1-S-octyl-beta-D-thioglucopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→18.6 Å / Num. obs: 41576 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 4.5 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Rsym value: 8.2 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 18.6 Å / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Num. measured all: 259591 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.38 Å / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 8.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.35→100 Å / Num. parameters: 12587 / Num. restraintsaints: 14715 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 2071 5 %5% OF
all0.1367 39350 --
obs0.1358 -97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 1133 / Occupancy sum non hydrogen: 1388
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 0 0 284 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.272
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 100 Å / Rfactor Rwork: 0.136
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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