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万見
- PDB-2lib: DNA sequence context conceals alpha anomeric lesion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lib
タイトルDNA sequence context conceals alpha anomeric lesion
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*(A3A)P*GP*GP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Alpha anomeric adenosine / DNA damage / Flanking sequence effects / Structural perturbation / Structural distortion / Minor groove distortion / Endonuclease IV / Enzyme recognition / Helical axis kink / Enzyme modulation / DNA repair / DNA perturbation
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model detailslowest AMBER violations, model 1
データ登録者Johnson, C.N. / Spring, A.M. / Cunningham, R.P. / Germann, M.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: DNA sequence context conceals alpha-anomeric lesions.
著者: Johnson, C.N. / Spring, A.M. / Desai, S. / Cunningham, R.P. / Germann, M.W.
履歴
登録2011年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*(A3A)P*GP*GP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0912
ポリマ－6,0912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10lowest AMBER violations
代表モデルモデル #1lowest amber violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*(A3A)P*GP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3070.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3020.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111-1 jump return
1211D NOE
1311-1 NOESY 2D 150 ms
242Low Flip COSY
252TOCYS
2622D 1H 1H NOESY 75 ms
2722D 1H 1H NOESY 125 ms
2822D 1H-1H NOESY 250 ms
292Constant Time COSY
21022D 1H-13C HSQC
21122D 1H-31P CORR
21221D 31P

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*A3A*GP*GP*AP*CP*G)-3'), 0.75 mM DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 % D2O, 0.2 uM DSS, 2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75 mM DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*A3A*GP*GP*AP*CP*G)-3'), 0.75 mM DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100 % D2O, 0.2 uM DSS, 2 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.75 mMDNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*A3A*GP*GP*AP*CP*G)-3')-11
0.75 mMDNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')-21
10 mMsodium phosphate-31
50 mMsodium chloride-41
10 %D2O-51
0.2 uMDSS-61
2 mMEDTA-71
0.75 mMDNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*A3A*GP*GP*AP*CP*G)-3')-82
0.75 mMDNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')-92
10 mMsodium phosphate-102
50 mMsodium chloride-112
100 %D2O-122
0.2 uMDSS-132
2 mMEDTA-142
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 6.65 ambient 276 K
250 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm構造決定
Sparky3.3Goddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinデータ解析
CORMAThomas James構造決定
MARDGIRASThomas James構造決定
Curves5.1Richard Laveryanalysis
Curves5.1Heinz Sklenaranalysis
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: CORMA AMBER MARDIGRAS cycles with restrained molecular dynamics
NMR constraintsNOE constraints total: 246
代表構造選択基準: lowest amber violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest AMBER violations
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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