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万見
- PDB-2li9: Metal binding domain of rat beta-amyloid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li9
タイトルMetal binding domain of rat beta-amyloid
要素Amyloid beta A4 protein
キーワードCELL ADHESION / Alzheimer's disease / Dimer formation / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / ECM proteoglycans / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Post-translational protein phosphorylation / TRAF6 mediated NF-kB activation / endosome to plasma membrane transport vesicle / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of presynapse assembly / Mitochondrial protein degradation ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / ECM proteoglycans / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Post-translational protein phosphorylation / TRAF6 mediated NF-kB activation / endosome to plasma membrane transport vesicle / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of presynapse assembly / Mitochondrial protein degradation / Platelet degranulation / cytosolic mRNA polyadenylation / synaptic assembly at neuromuscular junction / Lysosome Vesicle Biogenesis / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / lipoprotein particle / regulation of amyloid-beta clearance / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / ciliary rootlet / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / frizzled binding / amyloid-beta complex / heparan sulfate proteoglycan binding / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / G alpha (q) signalling events / presynaptic active zone / regulation of spontaneous synaptic transmission / G alpha (i) signalling events / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / neuromuscular process controlling balance / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / astrocyte projection / neuron remodeling / negative regulation of neuron differentiation / nuclear envelope lumen / spindle midzone / intracellular vesicle / forebrain development / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / smooth endoplasmic reticulum / modulation of excitatory postsynaptic potential / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / apolipoprotein binding / main axon / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / cholesterol metabolic process / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / adult locomotory behavior / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / learning / positive regulation of JNK cascade / locomotory behavior / neuromuscular junction / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / neuron cellular homeostasis / visual learning
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, QM, MM geometry optimization
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Polshakov, V. / Istrate, A. / Kozin, S. / Makarov, A.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2012
タイトル: NMR solution structure of rat Abeta(1-16): toward understanding the mechanism of rats' resistance to Alzheimer's disease.
著者: Istrate, A.N. / Tsvetkov, P.O. / Mantsyzov, A.B. / Kulikova, A.A. / Kozin, S.A. / Makarov, A.A. / Polshakov, V.I.
#1: ジャーナル: MOL.BIOL.(MOSCOW) / 年: 2010
タイトル: Optimization of the methods for small peptide solution structure determination by NMR spectroscopy.
著者: Istrate, A.N. / Mantsyzov, A.B. / Kozin, S.A. / Pol'shakov, V.I.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 protein
B: Amyloid beta A4 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8393
ポリマ－3,7742
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein / ABPP / APP / Alzheimer disease amyloid A4 protein homolog / Amyloidogenic glycoprotein / AG


分子量: 1886.998 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 672-687 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P08592
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution structure of the dimer of rat beta-Amyloid metal binding domain complexed with zinc ion
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-13C HSQC
1212D DQF-COSY
1322D DQF-COSY
1412D 1H-1H NOESY
1522D 1H-1H NOESY
1622D 1H-1H TOCSY
1712D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM protein_1, 8 mM Zinc cloride, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
25 mM protein_1, 8 mM Zinc cloride, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 0.1 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMentity_1-11
8 mMZinc cloride-21
20 mMTRIS-3[U-100% 2H]1
0.1 %sodium azide-41
5 mMentity_1-52
8 mMZinc cloride-62
20 mMTRIS-7[U-100% 2H]2
0.1 %sodium azide-82
試料状態イオン強度: 10 / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
AnglesearchV. Polshakovデータ解析
GROMACS3.3.1Van Der Spoel et al.構造決定
GROMACS/CPMDBiswas & Gogoneageometry optimization
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
GROMACSVan Der Spoel et al.精密化
GROMACS/CPMDBiswas & Gogonea精密化
精密化手法: simulated annealing, QM, MM geometry optimization / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulation in explicit water environment
NMR constraintsNOE intraresidue total count: 144 / NOE medium range total count: 30 / NOE sequential total count: 66
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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