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万見
- PDB-2li3: Structural and functional analysis of a novel potassium toxin arg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li3
タイトルStructural and functional analysis of a novel potassium toxin argentinean scorpion Tityus trivittatus reveals a new kappa sub-family
要素Potassium channel toxin kappa-KTX3.1
キーワードTOXIN / ALPHA/ALPHA MOTIF / ALPHA SCORPION TOXIN / VOLTAGE GATED POTASSIUM CHANNEL ALPHA TOXIN
機能・相同性potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-buthitoxin-Tt2b
機能・相同性情報
生物種Tityus trivittatus (サソリ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Saucedo-Yanez, A. / Del Rio-Portilla, F. / Hernandez-Lopez, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: New Tricks of an Old Pattern: STRUCTURAL VERSATILITY OF SCORPION TOXINS WITH COMMON CYSTEINE SPACING.
著者: Saucedo, A.L. / Flores-Solis, D. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Ramirez-Cordero, B. / Hernandez-Lopez, R. / Cano-Sanchez, P. / Navarro, R.N. / Garcia-Valdes, J. / Coronas-Valderrama, F. / de ...著者: Saucedo, A.L. / Flores-Solis, D. / Rodriguez de la Vega, R.C. / Ramirez-Cordero, B. / Hernandez-Lopez, R. / Cano-Sanchez, P. / Navarro, R.N. / Garcia-Valdes, J. / Coronas-Valderrama, F. / de Roodt, A. / Brieba, L.G. / Possani, L.D. / Del Rio-Portilla, F.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel toxin kappa-KTX3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3351
ポリマ－3,3351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin kappa-KTX3.1


分子量: 3334.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tityus trivittatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3A0L5*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-C

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試料調製

詳細内容: 2.3 mM KAPPA-KTX3.1 SCORPION TOXIN, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 2.3 mM / 構成要素: KAPPA-KTX3.1 SCORPION TOXIN-1
試料状態pH: 3.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
VARIAN INOVAVarianINOVA5001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1D.A.CASE, ET AL.精密化
NMRPipeDelaglio, Zhengrong and Bax構造決定
XEASYBartels et al.構造決定
CARA1.5Keller and Wuthrich構造決定
Amber9Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
AmberGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA2.1D.A.CASE, ET AL.構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED USING CYANA 2.1.THE 20 STRUCTURES OF 200 WITH LOWEST TARGET FUNCTION WERE REFINED BY MOLECULAR DYNAMICS WITH EXPLICIT SOLVENT USING AMBER 9.0.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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