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万見
- PDB-2lht: Solution structure of Venturia inaequalis cellophane-induced 1 pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lht
タイトルSolution structure of Venturia inaequalis cellophane-induced 1 protein (ViCin1) domains 1 and 2
要素Cellophane-induced protein 1
キーワードCELL ADHESION / secreted repeat domain
機能・相同性DNA polymerase; domain 1 - #20 / Cellophane-induced protein 1 / : / : / Cellophane-induced 1 (cin1) repeat / DNA polymerase; domain 1 / Helix non-globular / Special / Cellophane-induced protein 1
機能・相同性情報
生物種Venturia inaequalis (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mesarich, C.H. / Schmitz, M. / Tremouilhac, P. / Greenwood, D.R. / Mcgillivray, D.J. / Templeton, M.D. / Dingley, A.J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Structure, dynamics and domain organization of the repeat protein Cin1 from the apple scab fungus.
著者: Mesarich, C.H. / Schmitz, M. / Tremouilhac, P. / McGillivray, D.J. / Templeton, M.D. / Dingley, A.J.
履歴
登録2011年8月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellophane-induced protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6491
ポリマ－13,6491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cellophane-induced protein 1


分子量: 13649.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Venturia inaequalis (菌類) / 株: MNH135 / 遺伝子: CIN1, ViCin1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: A8W3P3
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT THE ACCESSION CODE FOR THE PROTEIN SEQUENCE IS ABW70130.2. THE ADDITIONAL ...THE AUTHOR STATES THAT THE ACCESSION CODE FOR THE PROTEIN SEQUENCE IS ABW70130.2. THE ADDITIONAL GLU RESIDUE INSERTED AT POSITION 72 OF THE PROTEIN SEQUENCE IN VERSION ABW70130.1 HAS BEEN REMOVED IN VERSION ABW70130.2.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D CBCANH
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HCAN
1813D H(CCO)NH
1913D C(CO)NH
11013D 1H-15N TOCSY
11113D (H)CCH-TOCSY
11212D HBCBCGCDHG
11312D (HB)CB(CGCDCE)HE
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY aliphatic
11613D 1H-13C NOESY aromatic
11712D 1H-15N IPAP-HSQC
11822D 1H-15N IPAP-HSQC
11912D 1H-15N R2 relaxation
12012D 1H-15N R1 relaxation
12112D 1H-15N heteronuclear NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ViCin1-D1D2, 25 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ViCin1-D1D2, 25 mM potassium phosphate, 5-6 % polyacrylamide gel, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMViCin1-D1D2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.6-0.81
25 mMpotassium phosphate-21
1.0 mMViCin1-D1D2-3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
25 mMpotassium phosphate-42
%polyacrylamide gel-55-62
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1pl3Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNMR2.07CCPNpeak picking
CcpNMR2.07CCPNchemical shift assignment
UNIO102Herrmann構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement against distance, torsion angle and RDC constraints in a 8 Angstrom water shell, using a modified version of the WaterRefCNS scripts. Disulfide bonds between residues 47-57, 64-77, ...詳細: Refinement against distance, torsion angle and RDC constraints in a 8 Angstrom water shell, using a modified version of the WaterRefCNS scripts. Disulfide bonds between residues 47-57, 64-77, 103-113 and 120-129 were added as topology patches in CNS.
NMR constraintsNOE constraints total: 1414 / NOE intraresidue total count: 411 / NOE long range total count: 148 / NOE medium range total count: 395 / NOE sequential total count: 460 / Protein phi angle constraints total count: 93 / Protein psi angle constraints total count: 93
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 14.367 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.303 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.062594 Å / Distance rms dev error: 0.00871323 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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