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万見
- PDB-2lhs: Structure of the chitin binding protein 21 (CBP21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lhs
タイトルStructure of the chitin binding protein 21 (CBP21)
要素CBP21
キーワードChitin Binding Protein
機能・相同性chitin-binding protein cbp21 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / chitin catabolic process / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta / CBP21
機能・相同性情報
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 20
データ登録者Aachmann, F.L. / Eijsink, V.G. / Vaaje-Kolstad, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: NMR structure of a lytic polysaccharide monooxygenase provides insight into copper binding, protein dynamics, and substrate interactions.
著者: Aachmann, F.L. / Sorlie, M. / Skjak-Braek, G. / Eijsink, V.G. / Vaaje-Kolstad, G.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32014年8月13日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBP21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8131
ポリマ－18,8131
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CBP21 / Chitin-binding protein


分子量: 18812.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: BJL200 / 遺伝子: cbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O83009

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-13C NOESY aliphatic
1213D 1H-15N NOESY
1332D 1H-1H TOCSY
1432D DQF-COSY
1532D 1H-1H NOESY
1622D 1H-13C HSQC aromatic
1742D DQF-COSY
1842D 1H-1H TOCSY
1942D 1H-1H NOESY
11012D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CBP21, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8-1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CBP21, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
30.8-1.2 mM CBP21, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.8-1.2 mM CBP21, 20 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCBP21-1[U-98% 13C; U-98% 15N]0.8-1.21
20 mMpotassium phosphate-21
10 mMsodium chloride-31
mMCBP21-4[U-98% 13C; U-98% 15N]0.8-1.22
20 mMpotassium phosphate-52
10 mMsodium chloride-62
mMCBP21-70.8-1.23
20 mMpotassium phosphate-83
10 mMsodium chloride-93
mMCBP21-100.8-1.24
20 mMpotassium phosphate-114
10 mMsodium chloride-124
試料状態イオン強度: 0.06 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASYBartels et al.collection
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
YASARAKrieger, Darden, Nabuurs, Finkelstein, Vriend精密化
CYANAKrieger, Darden, Nabuurs, Finkelstein, Vriend精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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