PDB-2lhk: Structural analysis of a chaperone in type III secretion system

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lhk

タイトル

Structural analysis of a chaperone in type III secretion system

要素

L0052

キーワード

CHAPERONE / Helical bundle / Type III secretion system

機能・相同性

Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #190 / Type III secretion system filament chaperone CesA / Type III secretion system filament chaperone CesA / EspA/CesA-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / L0052

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Chen, L. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Structural instability tuning as a regulatory mechanism in protein-protein interactions.
著者: Chen, L. / Balabanidou, V. / Remeta, D.P. / Minetti, C.A. / Portaliou, A.G. / Economou, A. / Kalodimos, C.G.

履歴

登録	2011年8月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lhk.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lhk.ent.gz	984 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lhk_validation.pdf.gz	558.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lhk_full_validation.pdf.gz	892.5 KB	表示
XML形式データ	2lhk_validation.xml.gz	92.4 KB	表示
CIF形式データ	2lhk_validation.cif.gz	98.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6os2-d 5n16-d 2182 6ibb-1 6tfm-d 5iw7-1 2ozb-2 4q58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17856

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L0052

B: L0052

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 200	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	L0052 / Orf3 / Type III secretion system / chaperone for EspA and EspB / LEE associated 分子量: 12320.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52124

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	1	3D C(CO)NH
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D H(CCO)NH
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5~1.0 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CesAB (Type III secretion system, chaperone for EspA and EspB, LEE associated), 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	単位: mM 構成要素: CesAB (Type III secretion system, chaperone for EspA and EspB, LEE associated)-1 Isotopic labeling: [U-13C; U-15N; U-2H] / Conc. range: 0.5-1.0
試料状態	イオン強度: 300mM KCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 299 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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