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万見
- PDB-2lh0: NMR structure of the histone-interacting N-terminal homodimeric r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lh0
タイトルNMR structure of the histone-interacting N-terminal homodimeric region of Rtt106
要素Histone chaperone RTT106
キーワードCHAPERONE / HISTONE CHAPERONE / CHROMOSOMAL PROTEIN / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSPOSITION
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA replication-dependent chromatin assembly / heterochromatin formation / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...transposition / DNA replication-dependent chromatin assembly / heterochromatin formation / nucleosome binding / transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RTT106-like / Rtt106, pleckstrin homology domain / Histone chaperone Rtt106, N-terminal domain / Histone chaperone Rtt106, N-terminal domain superfamily / Histone chaperone Rtt106 N-terminal domain / Pleckstrin homology domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like ...RTT106-like / Rtt106, pleckstrin homology domain / Histone chaperone Rtt106, N-terminal domain / Histone chaperone Rtt106, N-terminal domain superfamily / Histone chaperone Rtt106 N-terminal domain / Pleckstrin homology domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Helix non-globular / Special / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone chaperone RTT106
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Hu, Q. / Cui, G. / Mer, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural basis for recognition of H3K56-acetylated histone H3-H4 by the chaperone Rtt106.
著者: Su, D. / Hu, Q. / Li, Q. / Thompson, J.R. / Cui, G. / Fazly, A. / Davies, B.A. / Botuyan, M.V. / Zhang, Z. / Mer, G.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22012年3月7日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone chaperone RTT106
B: Histone chaperone RTT106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2582
ポリマ－16,2582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone chaperone RTT106 / Regulator of Ty1 transposition protein 106


分子量: 8129.175 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 1-67 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: N1346, RTT106, YNL206C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P40161

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D HCACO
11212D 1H-13C HSQC
11332D 13C- FILTERED-EDITED NOESY
11422D 1H-15N HSQC
11523D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE CHAPERONE RTT106, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] HISTONE CHAPERONE RTT106, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE CHAPERONE RTT106, 0.6 mM HISTONE CHAPERONE RTT106, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMHISTONE CHAPERONE RTT106-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMHISTONE CHAPERONE RTT106-2[U-100% 15N]2
0.6 mMHISTONE CHAPERONE RTT106-3[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.6 mMHISTONE CHAPERONE RTT106-43
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.95 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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