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- PDB-2lg1: Solution structure of the human AKAP13 PH domain and stabilizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lg1
タイトルSolution structure of the human AKAP13 PH domain and stabilizing DH helix
要素A-kinase anchor protein 13
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sarcomere organization / MAP-kinase scaffold activity / cardiac muscle cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / protein kinase A binding / NRAGE signals death through JNK / adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction ...regulation of sarcomere organization / MAP-kinase scaffold activity / cardiac muscle cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / protein kinase A binding / NRAGE signals death through JNK / adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / bone development / small GTPase binding / G alpha (12/13) signalling events / heart development / cell cortex / molecular adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2510 / RII binding domain / RII binding domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...Helix Hairpins - #2510 / RII binding domain / RII binding domain / : / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / C1-like domain superfamily / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Helix Hairpins / PH-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A-kinase anchor protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lenoir, M. / Sugawara, M. / Ball, L. / Overduin, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into the Activation of the RhoA GTPase by the Lbc Oncoprotein.
著者: Lenoir, M. / Sugawara, M. / Kaur, J. / Ball, L.J. / Overduin, M.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2009
タイトル: Resonance assignments of the human AKAP13-PH domain and stabilizing DH helix.
著者: Sugawara, M. / Whittaker, S.B. / Bishop, S. / Ball, L. / Overduin, M.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-kinase anchor protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0551
ポリマ－21,0551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 A-kinase anchor protein 13 / AKAP-13 / AKAP-Lbc / Breast cancer nuclear receptor-binding auxiliary protein / Guanine nucleotide ...AKAP-13 / AKAP-Lbc / Breast cancer nuclear receptor-binding auxiliary protein / Guanine nucleotide exchange factor Lbc / Human thyroid-anchoring protein 31 / Lymphoid blast crisis oncogene / LBC oncogene / Non-oncogenic Rho GTPase-specific GTP exchange factor / Protein kinase A-anchoring protein 13 / p47


分子量: 21055.184 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domain residues 2164-2346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKAP13, BRX, HT31, LBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Rosetta / 参照: UniProt: Q12802

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HN(CO)CA
131CBCA(CO)NH (H[N[co[{CA|ca[C]}]]])
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
161CCH TOCSY (hC CH.TOCSY)
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D 1H-15N NOESY
11112D 1H-15N HSQC/HMQC

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AKAP13a_A10, 50.0 mM sodium phosphate, 150.0 mM sodium chloride, 0.1 mM Sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMAKAP13a_A10-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50.0 mMsodium phosphate-21
150.0 mMsodium chloride-31
0.1 mMSodium azide-41
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: 1.00 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UnityInova / 製造業者: Varian / モデル: UnityInova / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure
CcpNmr Analysis2.1CCPNassignment
NMRPipeNMRpipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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