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万見
- PDB-2lfn: Identification of the key regions that drive functional amyloid f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfn
タイトルIdentification of the key regions that drive functional amyloid formation by the fungal hydrophobin EAS
要素Hydrophobin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Surface active protein / Protein self-assembly / Hydrophobin / Fungal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hydrophobin / Hydrophobin, conserved site / Fungal hydrophobins signature. / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Hydrophobin / Hydrophobins / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class I hydrophobin eas
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Macindoe, I. / Kwan, A.H. / Morris, V.K. / Mackay, J.P. / Sunde, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Self-assembly of functional, amphipathic amyloid monolayers by the fungal hydrophobin EAS
著者: Macindoe, I. / Kwan, A.H. / Ren, Q. / Morris, V.K. / Yang, W. / Mackay, J.P. / Sunde, M.
履歴
登録2011年7月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7291
ポリマ－6,7291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hydrophobin / Blue light-induced protein 7 / Clock-controlled gene protein 2 / Rodlet protein


分子量: 6728.581 Da / 分子数: 1 / 変異: F58G, deletion of UNP residues 51-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: bli-7, ccg-2, eas, NCU08457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04571
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
2422D 1H-15N HSQC
2523D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 % D2O-1, 95 % H2O-2, 20-34 uM DSS-3, 20 mM sodium phosphate-4, 890 uM entity-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
25 % D2O-6, 95 % H2O-7, 20-34 uM DSS-8, 20 mM sodium phosphate-9, 280 uM [U-98% 15N] entity-10, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
5 %D2O-11
95 %H2O-21
uMDSS-320-341
20 mMsodium phosphate-41
890 uMentity-51
5 %D2O-62
95 %H2O-72
uMDSS-820-342
20 mMsodium phosphate-92
280 uMentity-10[U-98% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1207ambient 298 K
2206ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinv1.3Bruker Biospincollection
TopSpinv1.3Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
ARIAv1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIAv1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurstructure validation
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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