PDB-2lfl: NMR solution structure of the intermediate IIIb of TdPI-short

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lfl

タイトル

NMR solution structure of the intermediate IIIb of TdPI-short

要素

Tryptase inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR

機能・相同性

Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Few Secondary Structures / Irregular / Tryptase inhibitor

機能・相同性情報

生物種

Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Bronsoms, S. / Pantoja-Uceda, D. / Gabrijelcic-Geiger, D. / Sanglas, L. / Aviles, F. / Santoro, J. / Sommerhoff, C. / Arolas, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Oxidative folding and structural analyses of a kunitz-related inhibitor and its disulfide intermediates: functional implications.
著者: Bronsoms, S. / Pantoja-Uceda, D. / Gabrijelcic-Geiger, D. / Sanglas, L. / Aviles, F.X. / Santoro, J. / Sommerhoff, C.P. / Arolas, J.L.

履歴

登録	2011年7月6日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lfl.cif.gz	326.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lfl.ent.gz	276 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lfl_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lfl_full_validation.pdf.gz	598.3 KB	表示
XML形式データ	2lfl_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	2lfl_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/2lfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/2lfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lfkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2u2f-d 5de8-1 2m6y-d 2p8v-d 2bf9-1 3lr4-d 4dxz-d 5dea-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17763

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptase inhibitor

6.34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Tryptase inhibitor 分子量: 6337.299 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 42-96 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EG59

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM TdPI-short, 90% H2O/10% D2O 0.1% TFA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O 0.1% TFA
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: TdPI-short-1
試料状態	pH: 2.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm	精密化
NMRView	5.0.20	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
NMRView	5.0.20	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
NMRView	5.0.20	Johnson, One Moon Scientific	peak picking
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	collection
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	解析
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 597 / NOE intraresidue total count: 404 / NOE long range total count: 9 / NOE medium range total count: 110 / NOE sequential total count: 83

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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