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万見
- PDB-2lfh: Solution NMR Structure of the Helix-loop-Helix Domain of Human ID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfh
タイトルSolution NMR Structure of the Helix-loop-Helix Domain of Human ID3 Protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3111A
要素DNA-binding protein inhibitor ID-3
キーワードDNA binding protein inhibitor / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Helix-loop-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to leptomycin B / leptomycin B binding / : / notochord development / multicellular organism development / negative regulation of myoblast differentiation / NGF-stimulated transcription / metanephros development / transcription regulator inhibitor activity / odontogenesis ...cellular response to leptomycin B / leptomycin B binding / : / notochord development / multicellular organism development / negative regulation of myoblast differentiation / NGF-stimulated transcription / metanephros development / transcription regulator inhibitor activity / odontogenesis / muscle organ development / regulation of DNA replication / transcription factor binding / negative regulation of osteoblast differentiation / epithelial cell differentiation / central nervous system development / circadian regulation of gene expression / neuron differentiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to wounding / heart development / cell differentiation / protein dimerization activity / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein inhibitor / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein inhibitor ID-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Eletsky, A. / Wang, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the Helix-loop-Helix Domain of Human ID3 Protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR3111A
著者: Eletsky, A. / Wang, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein inhibitor ID-3
B: DNA-binding protein inhibitor ID-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2792
ポリマ－15,2792
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein inhibitor ID-3 / Class B basic helix-loop-helix protein 25 / bHLHb25 / Helix-loop-helix protein HEIR-1 / ID-like ...Class B basic helix-loop-helix protein 25 / bHLHb25 / Helix-loop-helix protein HEIR-1 / ID-like protein inhibitor HLH 1R21 / Inhibitor of DNA binding 3


分子量: 7639.716 Da / 分子数: 2 / 断片: Helix-loop-helix motif domain residues 27-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 1R21, BHLHB25, HEIR1, ID3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q02535

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
1313D HNCO
141(4,3)D GFT CABCA(CO)NHN
151(4,3)D GFT HNNCABCA
1612D 1H-13C HSQC aromatic
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1813D HN(CA)CO
1913D (H)CCH-COSY aliphatic
11013D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11113D HBHA(CO)NH
11212D 1H-15N LR-HSQC for histidines
11311D 15N T1
11411D 15N T2
11522D 1H-13C CT-HSQC methyl

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR3111A, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [5% 13C; U-100% 15N] HR3111A, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM TRIS, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMHR3111A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
10 mMDTT-31
10 mMTRIS-41
0.02 %sodium azide-51
0.5 mMHR3111A-6[5% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloride-72
10 mMDTT-82
10 mMTRIS-92
0.02 %sodium azide-102
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinement,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
PROSA6.4Guntert解析
VnmrJ2.2DVariancollection
TALOS+1.2009.0721.18Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed using CYANA with NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS+. The 20 conformers out of 100 with the lowest target ...詳細: Structure determination was performed using CYANA with NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints from TALOS+. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field
NMR constraintsNOE constraints total: 1400 / NOE intraresidue total count: 524 / NOE long range total count: 238 / NOE medium range total count: 278 / NOE sequential total count: 360 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 89 / Protein psi angle constraints total count: 89
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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