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万見
- PDB-2lfe: Solution NMR structure of N-terminal domain of human E3 ubiquitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfe
タイトルSolution NMR structure of N-terminal domain of human E3 ubiquitin-protein ligase HECW2, Northeast structural genomics consortium (NESG) target ht6306A
要素E3 ubiquitin-protein ligase HECW2
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / SGC / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / regulation of dendrite morphogenesis / mitotic spindle / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase HECW1/2, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase HECW, C2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECW1, helical box domain / N-terminal domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 and 2 / Helical box domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 / Immunoglobulin-like - #2840 / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin-protein ligase HECW1/2, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase HECW, C2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECW1, helical box domain / N-terminal domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 and 2 / Helical box domain of E3 ubiquitin-protein ligase HECW1 / Immunoglobulin-like - #2840 / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase HECW2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lemak, A. / Yee, A. / Houliston, S. / Garcia, M. / Chitayat, S. / Dhe-Paganon, S. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of N-terminal domain of E3 ligase HECW2
著者: Lemak, A. / Yee, A. / Houliston, S. / Garcia, M. / Chitayat, S. / Dhe-Paganon, S. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HECW2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9481
ポリマ－15,9481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HECW2 / HECT / C2 and WW domain-containing protein 2 / NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase 2


分子量: 15947.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HECW2, KIAA1301, NEDL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P2P5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D CBCA(CO)NH
1413D HBHA(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 uM ZnSO4, 10 mM DTT, 0.01 % NaN3, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein-1[U-13C; U-15N]1
10 mMMOPS-21
450 mMsodium chloride-31
10 uMZnSO4-41
10 mMDTT-51
0.01 %NaN3-61
1 mMbenzamidine-71
試料状態イオン強度: 450 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
FMCLemak,Steren,Llinas, Arrowsmithchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelione構造検証
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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