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万見
- PDB-2lf0: Solution structure of sf3636, a two-domain unknown function prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lf0
タイトルSolution structure of sf3636, a two-domain unknown function protein from Shigella flexneri 2a, determined by joint refinement of NMR, residual dipolar couplings and small-angle X-ray scattering, NESG target SfR339/OCSP target sf3636
要素Uncharacterized protein yibL
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / two-domain protein / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein PF10928, DUF2810 / Protein of unknown function DUF2810 / Protein of unknown function (DUF2810) / UVR domain / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YibL / Uncharacterized protein YibL
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wu, B. / Lemak, A. / Yee, A. / Lee, H. / Gutmanas, A. / Semesi, A. / Garcia, M. / Fang, X. / Wang, Y. / Prestegard, J.H. ...Wu, B. / Lemak, A. / Yee, A. / Lee, H. / Gutmanas, A. / Semesi, A. / Garcia, M. / Fang, X. / Wang, Y. / Prestegard, J.H. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of sf3636, a two-domain unknown function protein from Shigella flexneri 2a, determined by joint refinement of NMR, residual dipolar couplings and small-angle X-ray scattering
著者: Wu, B. / Lemak, A. / Yee, A. / Lee, H. / Gutmanas, A. / Semesi, A. / Garcia, M. / Fang, X. / Wang, Y. / Prestegard, J.H. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2011年6月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22012年11月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl / pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yibL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0771
ポリマ－14,0771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein yibL


分子量: 14077.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: yibL, S4132, SF3636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83J25, UniProt: A0A384KBU4*PLUS

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HBHA(CO)NH
1413D HNCA
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11013D 1H-13C NOESY aromatic
11132D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sf3636, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % NaN3-6, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sf3636, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % NaN3, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] sf3636, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 0.01 % NaN3, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMsf3636-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS-2[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride-31
10 uMzinc sulphate-41
10 mMDTT-5[U-100% 2H]1
0.01 %NaN3-61
10 mMbenzamidine-71
1 %inhibitor cocktail-81
0.5 mMsf3636-9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS-10[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride-112
10 uMzinc sulphate-122
10 mMDTT-13[U-100% 2H]2
0.01 %NaN3-142
10 mMbenzamidine-152
1 %inhibitor cocktail-162
0.5 mMsf3636-17[U-7% 13C; U-100% 15N]3
10 mMTRIS-18[U-100% 2H]3
300 mMsodium chloride-193
10 uMzinc sulphate-203
10 mMDTT-21[U-100% 2H]3
0.01 %NaN3-223
10 mMbenzamidine-233
1 %inhibitor cocktail-243
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MDDGUI1Gutmanas, Arrowsmith解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
FMCGUI2.4Lemak, Arrowsmithchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionenmr structure quality assessment
PSVSBhattacharya and Montelionenmr structure quality assessment
ABACUSLemak, Arrowsmithchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The solution structures were generated using CYANA 3.0 with automated noesy assignments and RDC restraints and further refined by incorporating RDC restraints and SAXS data in restrained ...詳細: The solution structures were generated using CYANA 3.0 with automated noesy assignments and RDC restraints and further refined by incorporating RDC restraints and SAXS data in restrained molecular dynamics simulation with the program CNS. Although the current models fit well with both RDCs and SAXS, sf3636 may sample a range of relative domain orientations depending on data types and refinement tools. To further investigate sf3636 domain orientation and its intrinsic dynamic nature, Prestegard lab is developing a new protocol using RCSAs and RDCs from several mediums. Their refined models will be deposited later.
NMR constraintsNOE constraints total: 3059 / NOE intraresidue total count: 600 / NOE long range total count: 765 / NOE medium range total count: 922 / NOE sequential total count: 772 / Hydrogen bond constraints total count: 112 / Protein phi angle constraints total count: 100 / Protein psi angle constraints total count: 100
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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