PDB-2lea: Solution structure of human SRSF2 (SC35) RRM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lea

タイトル

Solution structure of human SRSF2 (SC35) RRM

要素

Serine/arginine-rich splicing factor 2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / SR protein / splicing factor

機能・相同性

機能・相同性情報

interchromatin granule / perichromatin fibrils / mRNA 3'-end processing / pre-mRNA binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / response to vitamin E ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model 17

データ登録者

Daubner, G.M. / Clery, A. / Jayne, S. / Stevenin, J. / Allain, F.H.-T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: A syn-anti conformational difference allows SRSF2 to recognize guanines and cytosines equally well.
著者: Daubner, G.M. / Clery, A. / Jayne, S. / Stevenin, J. / Allain, F.H.

履歴

登録	2011年6月15日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lea.cif.gz	628.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lea.ent.gz	522.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lebC 2lecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v6v-2 2e7p-4 3cwy-d 2db1-d 6g52-3 2ebu-d 2oug-4 2v6v-1 2kj9-d 2oug-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17705Protein BMRB: 17706Protein + RNA BMRB: 17707Protein + RNA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/arginine-rich splicing factor 2

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Serine/arginine-rich splicing factor 2 / Protein PR264 / Splicing component / 35 kDa / Splicing factor SC35 / SC-35 / Splicing factor / ...Protein PR264 / Splicing component / 35 kDa / Splicing factor SC35 / SC-35 / Splicing factor / arginine/serine-rich 2 分子量: 15258.074 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM domain residues 1-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFRS2, SRSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01130

#1: タンパク質

Serine/arginine-rich splicing factor 2 / Protein PR264 / Splicing component / 35 kDa / Splicing factor SC35 / SC-35 / Splicing factor / ...

分子量: 15258.074 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM domain residues 1-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFRS2, SRSF2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01130

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	2	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	3D HCACO
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HNCA
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D CBCA(CO)NH
1	9	1	3D HN(CA)CB
1	10	1	3D H(CCO)NH
1	11	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	12	1	3D 1H-13C NOESY
1	13	1	3D 1H-15N NOESY
1	14	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.75 mM [U-15N] SRSF2 RRM 1, 0.75 mM [U-13C; U-15N] SRSF2 RRM 2, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.75 mM [U-15N] SRSF2 RRM 1, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.75 mM	SRSF2 RRM 1-1	[U-15N]	1
0.75 mM	SRSF2 RRM 2-2	[U-13C; U-15N]	1
0.75 mM	SRSF2 RRM 1-3	[U-15N]	2

試料状態

イオン強度: 120 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 310.8 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	3
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm	精密化
Sparky		Goddard	chemical shift assignment

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 2585 / NOE intraresidue total count: 458 / NOE long range total count: 973 / NOE medium range total count: 418 / NOE sequential total count: 736

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.35 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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