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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ldx | ||||||||||||
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タイトル | CHARACTERIZATION OF THE ANTIGENIC SITES ON THE REFINED 3-ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF MOUSE TESTICULAR LACTATE DEHYDROGENASE C4 | ||||||||||||
要素 | APO-LACTATE DEHYDROGENASE | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(CHOH(D)-NAD(A)) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactate biosynthetic process from pyruvate / lactate oxidation / ピルビン酸 / flagellated sperm motility / ATP biosynthetic process / 乳酸脱水素酵素 / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / 繊毛 / 繊毛 ...lactate biosynthetic process from pyruvate / lactate oxidation / ピルビン酸 / flagellated sperm motility / ATP biosynthetic process / 乳酸脱水素酵素 / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / 繊毛 / 繊毛 / carbohydrate metabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.96 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Griffith, J.P. / Rossmann, M.G. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: Characterization of the antigenic sites on the refined 3-A resolution structure of mouse testicular lactate dehydrogenase C4. 著者: Hogrefe, H.H. / Griffith, J.P. / Rossmann, M.G. / Goldberg, E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1979 タイトル: The Structure of Mouse Testicular Lactate Dehydrogenase Isoenzyme C4 at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Musick, W.D.L. / Rossmann, M.G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: A Low-Resolution Study of Testicular Lactate Dehydrogenase Using the Molecular Replacement Technique 著者: Musick, W.D.L. / Adams, A.D. / Rossmann, M.G. / Wheat, T.E. / Goldberg, E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973 タイトル: A Crystalline Form of Testes-Specific Lactate Dehydrogenase 著者: Adams, A.D. / Adams, M.J. / Rossmann, M.G. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ldx.cif.gz | 251.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ldx.ent.gz | 197.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ldx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/2ldx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/2ldx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 138 IS A CIS-PROLINE. | ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35866.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P00342, 乳酸脱水素酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE SECONDARY STRUCTURE SPECIFICAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: microdialysis / 詳細: seeding | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.96 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 0.66 % / Num. measured all: 20475 / Rmerge(I) obs: 0.254 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.96→10 Å / Rfactor obs: 0.256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.96→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.96 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |