[日本語] English
万見
- PDB-2lcv: Structure of the Cytidine Repressor DNA-Binding Domain; an altern... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lcv
タイトルStructure of the Cytidine Repressor DNA-Binding Domain; an alternate calculation
要素HTH-type transcriptional repressor CytR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / BACTERIAL GENE REPRESSOR / HELIX TURN HELIX BINDING DOMAIN / LACR FAMILY / DNA-BINDING / REPRESSOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional repressor CytR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average, model 11
データ登録者Moody, C.L. / Tretyachenko-Ladokhina, V. / Senear, D.F. / Cocco, M.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Multiple Conformations of the Cytidine Repressor DNA-Binding Domain Coalesce to One upon Recognition of a Specific DNA Surface.
著者: Moody, C.L. / Tretyachenko-Ladokhina, V. / Laue, T.M. / Senear, D.F. / Cocco, M.J.
履歴
登録2011年5月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor CytR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4031
ポリマ－7,4031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor CytR


分子量: 7402.625 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-67 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3934, cytR, JW3905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0ACN7

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-15N TOCSY
1623D 1H-13C NOESY
172(H)CCH-TOCSY
2832D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.411 mM [U-15N] HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR, 1.14 mM ATTTATGCAACGCA DNA, 50 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR, 1.2 mM ATTTATGCAACGCA DNA, 50 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-15N] HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR, 0.6 mM ATTTATGCAACGCA DNA, 50 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 4 % C12E5 PEG/HEXANOL, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.411 mMHTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR-1[U-15N]1
1.14 mMATTTATGCAACGCA DNA-21
50 mMsodium phosphate-31
30 mMsodium chloride-41
1 mMEDTA-51
1 mMHTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR-6[U-13C; U-15N]2
1.2 mMATTTATGCAACGCA DNA-72
50 mMsodium phosphate-82
30 mMsodium chloride-92
1 mMEDTA-102
0.4 mMHTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR CYTR-11[U-15N]3
0.6 mMATTTATGCAACGCA DNA-123
50 mMsodium phosphate-133
30 mMsodium chloride-143
1 mMEDTA-153
4 %C12E5 PEG/HEXANOL-163
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.0570 6.0 AMBIENT 308 K
20.0570 6 AMBIENT 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: VARIAN INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
VNMRVarian構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
ANALYSIS_-_CCPNCCPN構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 556 / NOE intraresidue total count: 233 / NOE long range total count: 41 / NOE medium range total count: 148 / NOE sequential total count: 134 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 37
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る