[日本語] English
万見
- PDB-2l9n: Structure of the human Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9n
タイトルStructure of the human Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein
要素Ribosome maturation protein SBDS
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte chemotaxis / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / bone mineralization / hematopoietic progenitor cell differentiation / mitotic spindle organization / cytosolic ribosome assembly / spindle pole / rRNA processing / ribosome binding ...leukocyte chemotaxis / bone marrow development / inner cell mass cell proliferation / bone mineralization / hematopoietic progenitor cell differentiation / mitotic spindle organization / cytosolic ribosome assembly / spindle pole / rRNA processing / ribosome binding / microtubule binding / rRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II ...SBDS protein C-terminal domain, subdomain 1 / Hypothetical 12.0 Kda Protein In Nam8-gar1 Intergenic Region; Chain: A; / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, C-terminal domain / SBDS protein, C-terminal domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / Alpha-Beta Plaits - #240 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome maturation protein SBDS
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Hilcenko, C. / Freund, S.M.V. / Warren, A.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: Uncoupling of GTP hydrolysis from eIF6 release on the ribosome causes Shwachman-Diamond syndrome.
著者: Finch, A.J. / Hilcenko, C. / Basse, N. / Drynan, L.F. / Goyenechea, B. / Menne, T.F. / Gonzalez Fernandez, A. / Simpson, P. / D'Santos, C.S. / Arends, M.J. / Donadieu, J. / Bellanne- ...著者: Finch, A.J. / Hilcenko, C. / Basse, N. / Drynan, L.F. / Goyenechea, B. / Menne, T.F. / Gonzalez Fernandez, A. / Simpson, P. / D'Santos, C.S. / Arends, M.J. / Donadieu, J. / Bellanne-Chantelot, C. / Costanzo, M. / Boone, C. / McKenzie, A.N. / Freund, S.M. / Warren, A.J.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosome maturation protein SBDS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9581
ポリマ－28,9581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome maturation protein SBDS / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome protein


分子量: 28957.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-97, SBDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3A5

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCA
1213D HNCO
1313D HN(CO)CA
1413D HBHA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CA)CO
1713D HNCA
1813D HNCO
1913D HN(CO)CA
11013D HBHA(CO)NH
11113D HN(CA)CB
11213D HN(CA)CO
11312D 1H-15N HSQC
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY
11612D 1H-13C HSQC
11713D (H)CCH-TOCSY
11813D (H)CCH-COSY
11913D HN(CAN)NH
12013D (H)CC(CO)NH
12113D H(CCCO)NH

-
試料調製

詳細内容: 25 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
25 mMpotassium phosphate-11
150 mMsodium chloride-21
1 mMDTT-31
0.05 %sodium azide-41
25 mMpotassium phosphate-52
150 mMsodium chloride-62
1 mMDTT-72
0.05 %sodium azide-82
25 mMpotassium phosphate-93
150 mMsodium chloride-103
1 mMDTT-113
0.05 %sodium azide-123
25 mMpotassium phosphate-134
150 mMsodium chloride-144
1 mMDTT-154
0.05 %sodium azide-164
25 mMpotassium phosphate-175
150 mMsodium chloride-185
1 mMDTT-195
0.05 %sodium azide-205
25 mMpotassium phosphate-216
150 mMsodium chloride-226
1 mMDTT-236
0.05 %sodium azide-246
試料状態イオン強度: 0.163 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker DRXBrukerDRX9002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3Goddardchemical shift assignment
Sparky3Goddardpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 4027 / NOE intraresidue total count: 1490 / NOE long range total count: 822 / NOE medium range total count: 596 / NOE sequential total count: 1119
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る