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- PDB-2l8t: Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 protein gp6, an inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l8t
タイトルStaphylococcus aureus pathogenicity island 1 protein gp6, an internal scaffold in size determination
要素Transposon Tn557 toxic shock syndrome toxin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / scaffold / bacteriophage / sapi
機能・相同性GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 - #40 / Pathogenicity island protein gp6, Staphylococcus / Pathogenicity island protein gp6 superfamily / Pathogenicity island protein gp6 in Staphylococcus / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Helix non-globular / Special / Hypothetical mobile element-associated protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dearborn, A.D. / Spilman, M.S. / Damle, P.K. / Chang, J.R. / Monroe, E.B. / Saad, J.S. / Christie, G.E. / Dokland, T.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: The Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 protein gp6 functions as an internal scaffold during capsid size determination.
著者: Altaira D Dearborn / Michael S Spilman / Priyadarshan K Damle / Jenny R Chang / Eric B Monroe / Jamil S Saad / Gail E Christie / Terje Dokland /
要旨: Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can ...Staphylococcus aureus pathogenicity island 1 (SaPI1) is a mobile genetic element that carries genes for several superantigen toxins. SaPI1 is normally stably integrated into the host genome but can become mobilized by "helper" bacteriophage 80α, leading to the packaging of SaPI1 genomes into phage-like transducing particles that are composed of structural proteins supplied by the helper phage but having smaller capsids. We show that the SaPI1-encoded protein gp6 is necessary for efficient formation of small capsids. The NMR structure of gp6 reveals a dimeric protein with a helix-loop-helix motif similar to that of bacteriophage scaffolding proteins. The gp6 dimer matches internal densities that bridge capsid subunits in cryo-electron microscopy reconstructions of SaPI1 procapsids, suggesting that gp6 acts as an internal scaffolding protein in capsid size determination.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposon Tn557 toxic shock syndrome toxin-1
B: Transposon Tn557 toxic shock syndrome toxin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3002
ポリマ－16,3002
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transposon Tn557 toxic shock syndrome toxin-1 / Pathogenicity island 1 protein gp6


分子量: 8150.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O54465

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1423D HN(COCA)CB
1523D HN(CO)CA
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein-1[U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
200 mMsodium chloride-31
1 mMprotein-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium phosphate-52
200 mMsodium chloride-62
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Ultrashield Plus / 製造業者: Bruker / モデル: Ultrashield Plus / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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