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万見
- PDB-4kfz: Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kfz
タイトルCrystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex
要素
  • Anti-LMO2 VH
  • LMO-2
キーワードTRANSCRIPTION / ONCOPROTEIN / T-CELL LEUKEMIA / PROTO-ONCOGENE / DEVELOPMENTAL PROTEIN / LIM domain / transcription factor / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


bHLH transcription factor binding / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis ...bHLH transcription factor binding / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / transcription coregulator binding / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription factor binding / blood microparticle / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / immune response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / : / Immunoglobulin V-Type ...: / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy variable 3-23 / Rhombotin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sewell, H. / Tanaka, T. / El Omari, K. / Cruz-Migoni, A. / Mancini, E.J. / Fuentes-Fernandez, N. / Chambers, J. / Rabbitts, T.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Conformational flexibility of the oncogenic protein LMO2 primes the formation of the multi-protein transcription complex.
著者: Sewell, H. / Tanaka, T. / Omari, K.E. / Mancini, E.J. / Cruz, A. / Fernandez-Fuentes, N. / Chambers, J. / Rabbitts, T.H.
履歴
登録2013年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LMO-2
B: LMO-2
C: Anti-LMO2 VH
D: Anti-LMO2 VH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,62112
ポリマ－63,0984
非ポリマー5238
水00
1
A: LMO-2
C: Anti-LMO2 VH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8106
ポリマ－31,5492
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
2
B: LMO-2
D: Anti-LMO2 VH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8106
ポリマ－31,5492
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
3
A: LMO-2
C: Anti-LMO2 VH
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,86336
ポリマ－189,29312
非ポリマー1,57024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area32110 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area78660 Å2
手法PISA
4
B: LMO-2
D: Anti-LMO2 VH
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,86336
ポリマ－189,29312
非ポリマー1,57024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area33120 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area78920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.260, 124.260, 81.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A11 - 155
2010B11 - 155
1020C3 - 127
2020D3 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 LMO-2 / Rhombotin-2 / Cysteine-rich protein TTG-2 / LIM domain only protein 2 / T-cell translocation protein 2


分子量: 17479.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMO2, RBTN2, RBTNL1, RHOM2, TTG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25791
#2: 抗体 Anti-LMO2 VH


分子量: 14069.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Anti-LMO2 VH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01764*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16868 / Num. obs: 16834 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UZI (chain H)

2uzi


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 32.498 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT, NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY (NCS) RESTRAINS WERE IMPOSED ON THE 2 VH#576/LMO2 DIMERS. TOWARDS THE END OF REFINEMENT, TLS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT, NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY (NCS) RESTRAINS WERE IMPOSED ON THE 2 VH#576/LMO2 DIMERS. TOWARDS THE END OF REFINEMENT, TLS (TRANSLATION/LIBRATION/SCREW) VIBRATIONAL MOTION REFINEMENT WAS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25828 883 5 %RANDOM
Rwork0.23898 ---
obs0.23993 16834 99.63 %-
all-16897 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6 Å2-1.3 Å20 Å2
2---2.6 Å20 Å2
3---3.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4342 0 8 0 4350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9041.9565986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0675544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74423.302212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86115758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9191536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023388
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1830.01
12B1830.01
21C1650.05
22D1650.05
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 67 -
Rwork0.319 1176 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72140.0239-0.24241.5718-0.73330.4357-0.0532-0.0738-0.11470.04840.03890.0043-0.0478-0.02690.01430.2192-0.0438-0.00550.2117-0.01880.214814.3257-23.874719.0638
21.8226-0.497-0.85141.01760.01771.14140.11390.45540.0103-0.4028-0.039-0.13570.02520.18-0.07490.39960.00990.02730.5114-0.11820.05299.3963-25.93862.557
31.9917-0.99870.58772.3032-0.6872.2546-0.07080.0881-0.1015-0.07270.0534-0.2064-0.0039-0.01240.01730.1630.01-0.00120.1676-0.01420.235927.322-38.358421.5189
43.52830.24610.63554.9941.29643.91430.11190.2975-0.7014-0.2343-0.0558-0.1120.5890.2095-0.05620.43540.06640.01540.1892-0.21690.320512.7477-45.348760.1615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 204
3X-RAY DIFFRACTION2B9 - 156
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 204
5X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 124
6X-RAY DIFFRACTION4D-3 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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