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万見
- PDB-2l6e: NMR Structure of the monomeric mutant C-terminal domain of HIV-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6e
タイトルNMR Structure of the monomeric mutant C-terminal domain of HIV-1 Capsid in complex with stapled peptide Inhibitor
要素
  • Capsid protein p24
  • NYAD-13 stapled peptide inhibitor
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Protein-stapled peptide complex / VIRAL PROTEIN - PEPTIDE INHIBITOR complex / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
[(5S)-5-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,5S,8S,11S,20S)-20-[[(2S)-2-[[(2S,3R)-2-[[(2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoyl]amino]-3-oxidanyl-butanoyl]amino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-2-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-11,20-dimethyl-5,8-bis(2-methylpropyl)-3,6,9,21-tetrakis(oxidanylidene)-1,4,7,10-tetrazacyclohenicos-11-yl]carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]ethanoylamino]hexanoyl]amino]hexanoyl]amino]-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexyl]azanium / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Bhattacharya, S. / Zhang, H. / Debnath, A.K. / Cowburn, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of a hydrocarbon stapled peptide inhibitor in complex with monomeric C-terminal domain of HIV-1 capsid.
著者: Bhattacharya, S. / Zhang, H. / Debnath, A.K. / Cowburn, D.
履歴
登録2010年11月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年12月29日ID: 2K1C
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: NYAD-13 stapled peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2342
ポリマ－13,2342
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24


分子量: 11488.063 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 280-363 / 変異: W80A, M81A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35963
#2: タンパク質・ペプチド NYAD-13 stapled peptide inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1746.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: [(5S)-5-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,5S,8S,11S,20S)-20-[[(2S)-2-[[(2S,3R)-2-[[(2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoyl]amino]-3-oxidanyl-butanoyl]amino]-3- ...参照: [(5S)-5-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[[(2S)-6-azaniumyl-2-[2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,5S,8S,11S,20S)-20-[[(2S)-2-[[(2S,3R)-2-[[(2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoyl]amino]-3-oxidanyl-butanoyl]amino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-2-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-11,20-dimethyl-5,8-bis(2-methylpropyl)-3,6,9,21-tetrakis(oxidanylidene)-1,4,7,10-tetrazacyclohenicos-11-yl]carbonylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]ethanoylamino]hexanoyl]amino]hexanoyl]amino]-6-oxidanyl-6-oxidanylidene-hexyl]azanium
配列の詳細THE SIDE CHAINS OF MK8 RESIDUE OF CHAIN B AND NUMBERS 4 AND 8 ARE LINKED BY A DOUBLE BOND AT THE CE ATOMS.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11012D f1,f2 filtered 1H-1H NOESY
11112D f2 filtered 1H-1H NOESY
11213D H(CCO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Capsid protein p24, 900 uM NYAD-13 Peptide Inhibitor, 2 mM DTT, 100 mM ammonium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Capsid protein p24, 900 uM NYAD-13 Peptide Inhibitor, 2 mM DTT, 100 mM ammonium acetate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMCapsid protein p24-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
900 uMNYAD-13 Peptide Inhibitor-21
2 mMDTT-31
100 mMammonium acetate-41
600 uMCapsid protein p24-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
900 uMNYAD-13 Peptide Inhibitor-62
2 mMDTT-72
100 mMammonium acetate-82
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CARA1.5Keller, Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.5Keller, Wuthrichpeak picking
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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