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万見
- PDB-2i0n: Structure of Dictyostelium discoideum Myosin VII SH3 domain with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i0n
タイトルStructure of Dictyostelium discoideum Myosin VII SH3 domain with adjacent proline rich region
要素Class VII unconventional myosin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BETA-SHEET LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytosis ...spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytosis / phagocytic cup / actin filament organization / filopodium / endocytosis / cell morphogenesis / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / microtubule binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DdMyo7 FERM domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain ...: / DdMyo7 FERM domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Variant SH3 domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SH3 Domains / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-I heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / Simulated annealing in XPLOR
データ登録者Wang, Q. / Deloia, M.A. / Kang, Y. / Litchke, C. / Titus, M.A. / Walters, K.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The SH3 domain of a M7 interacts with its C-terminal proline-rich region.
著者: Wang, Q. / Deloia, M.A. / Kang, Y. / Litchke, C. / Zhang, N. / Titus, M.A. / Walters, K.J.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class VII unconventional myosin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9641
ポリマ－8,9641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 21structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Class VII unconventional myosin


分子量: 8964.195 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: myoI / プラスミド: pGEX-6p-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9U1M8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-edited NOESY-HSQC
12213C-edited NOESY-HSQC
1342D NOESY
14315N-13C HNCA
15315N-13C HN(CO)CA
16315N-13C HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1protein U-15N, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2protein U-13C, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
3protein U-15N,13C, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
4unlabeled sample, 20mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM NaPO4, 100mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1995Delaglio et al.解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: Simulated annealing in XPLOR / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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