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万見
- PDB-2l5y: NMR structure of calcium-loaded STIM2 EF-SAM. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5y
タイトルNMR structure of calcium-loaded STIM2 EF-SAM.
要素Stromal interaction molecule 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / stromal interaction molecule / EF-hand / SAM domain / store operated calcium entry
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Stromal interaction molecule 2, SAM domain / Recoverin; domain 1 - #180 / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Stromal interaction molecule 2, SAM domain / Recoverin; domain 1 - #180 / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Recoverin; domain 1 / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal interaction molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zheng, L. / Stathopulos, P.B. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Auto-inhibitory role of the EF-SAM domain of STIM proteins in store-operated calcium entry.
著者: Zheng, L. / Stathopulos, P.B. / Schindl, R. / Li, G.Y. / Romanin, C. / Ikura, M.
履歴
登録2010年11月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal interaction molecule 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8712
ポリマ－17,8311
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stromal interaction molecule 2


分子量: 17830.967 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1482, STIM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P246
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR structural ensemble of the calcium sensing region of stromal interaction molecule-2 consisting of the EF-hand together with the SAM domains (residues 62-205).
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D HN(CA)CB
1413D 1H-15N NOESY
2533D 1H-13C NOESY
1623D HN(CO)CA
1723D HNCA
1823D HNCO
1923D HBHA(CO)NH
21032D 1H-13C HSQC
21133D (H)CCH-TOCSY
21233D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.7 mM [U-99% 15N] PROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-1, 20 mM TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 mM Calcium Ion-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-5, 20 mM TRIS-6, 100 mM sodium chloride-7, 10 mM Calcium Ion-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-9, 20 mM TRIS-10, 100 mM sodium chloride-11, 10 mM CALCIUM ION-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMPROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-1[U-99% 15N]0.5-0.71
20 mMTRIS-21
100 mMsodium chloride-31
10 mMCalcium Ion-41
mMPROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-5[U-99% 13C; U-99% 15N]0.5-0.72
20 mMTRIS-62
100 mMsodium chloride-72
10 mMCalcium Ion-82
mMPROTEIN (Stromal Interaction Molecule 2)-9[U-99% 13C; U-99% 15N]0.5-0.73
20 mMTRIS-103
100 mMsodium chloride-113
10 mMCALCIUM ION-123
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11057.5ambient 288 K
2105ambient 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSv1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAv2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: Water refinement was performed using the RECOORD scripts (Nederveen et al., 2005) in CNS (v1.1) (Brunger et al., 1998)., Water refinement was performed using the RECOORD scripts (Nederveen et ...詳細: Water refinement was performed using the RECOORD scripts (Nederveen et al., 2005) in CNS (v1.1) (Brunger et al., 1998)., Water refinement was performed using the RECOORD scripts (Nederveen et al., 2005) in CNS (v1.1) (Brunger et al., 1998).
NMR constraintsNOE constraints total: 2714 / NOE intraresidue total count: 757 / NOE long range total count: 617 / NOE medium range total count: 667 / NOE sequential total count: 667 / Hydrogen bond constraints total count: 91 / Protein phi angle constraints total count: 88 / Protein psi angle constraints total count: 88
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.1162 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 6.251 ° / Maximum upper distance constraint violation: -4.19 Å
Torsion angle constraint violation method: Violation analysis scripts from RECOORD in CNS.
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0296 Å / Distance rms dev error: 0.0134 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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