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万見
- PDB-2l5u: Structure of the first PHD finger (PHD1) from CHD4 (Mi2b) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5u
タイトルStructure of the first PHD finger (PHD1) from CHD4 (Mi2b)
要素Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CHD4 / Mi2b / Mi2-beta / PHD / PROTEIN BINDING / peptide binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / NGF-stimulated transcription / regulation of stem cell differentiation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / site of DNA damage ...cerebellar granule cell to Purkinje cell synapse / terminal button organization / NuRD complex / regulation of cell fate specification / NGF-stimulated transcription / regulation of stem cell differentiation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of synapse assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / site of DNA damage / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription coregulator binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / histone binding / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CHD subfamily II, SANT-like domain / Domain of unknown function DUF1087 / CHD, C-terminal 2 / CHD, N-terminal / CHD subfamily II, SANT-like domain / CHD subfamily II, DUF1087 / CHDNT (NUC034) domain / CHDCT2 (NUC038) domain / Domain of Unknown Function (DUF1086) / DUF1087 ...CHD subfamily II, SANT-like domain / Domain of unknown function DUF1087 / CHD, C-terminal 2 / CHD, N-terminal / CHD subfamily II, SANT-like domain / CHD subfamily II, DUF1087 / CHDNT (NUC034) domain / CHDCT2 (NUC038) domain / Domain of Unknown Function (DUF1086) / DUF1087 / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mansfield, R.E. / Kwan, A.H. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Plant Homeodomain (PHD) Fingers of CHD4 Are Histone H3-binding Modules with Preference for Unmodified H3K4 and Methylated H3K9
著者: Mansfield, R.E. / Musselman, C.A. / Kwan, A.H. / Oliver, S.S. / Garske, A.L. / Davrazou, F. / Denu, J.M. / Kutateladze, T.G. / Mackay, J.P.
履歴
登録2010年11月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9833
ポリマ－6,8531
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4 / CHD-4 / ATP-dependent helicase CHD4 / Mi-2 autoantigen 218 kDa protein / Mi2-beta


分子量: 6852.672 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD1 domain, UNP residues 365-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: pGEX-6PE is an edited version of pGEX-2T which contains an HRV3C protease cleavage site.
遺伝子: CHD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14839
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1413D HNCA
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HNHA
1813D HBHA(CO)NH
1913D HNCO
11013D HN(CA)CO
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D HNHB
11312D (HB)CB(CGCD)HD
11412D (HB)CB(CGCDCE)HE
11513D 1H-15N NOESY
11622D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHD4 PHD1-1, 10 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 1 mM DTT-4, 20 uM DSS-5, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21 mM CHD4 PHD1-6, 10 mM sodium phosphate-7, 50 mM sodium chloride-8, 1 mM DTT-9, 20 uM DSS-10, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMCHD4 PHD1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
20 uMDSS-51
1 mMCHD4 PHD1-62
10 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
1 mMDTT-92
20 uMDSS-102
試料状態イオン強度: 60 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angles from chemical shifts
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculations were performed using the package ARIA1.2. Final structures are based on 988 NOE-derived distance constraints and 79 additional dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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