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万見
- PDB-2l5d: Solution Structures of human PIWI-like 1 PAZ domain with ssRNA (5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5d
タイトルSolution Structures of human PIWI-like 1 PAZ domain with ssRNA (5'-pUGACA)
要素
  • 5'-R(*UP*GP*AP*CP*A)-3'
  • Piwi-like protein 1
キーワードRNA binding protein/RNA / PIWI / PAZ / piRNA / ssRNA / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap binding complex binding / primary piRNA processing / piRNA binding / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulatory ncRNA-mediated gene silencing ...mRNA cap binding complex binding / primary piRNA processing / piRNA binding / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Piwi-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zeng, L. / Zhang, Q. / Yan, K. / Zhou, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural insights into piRNA recognition by the human PIWI-like 1 PAZ domain.
著者: Zeng, L. / Zhang, Q. / Yan, K. / Zhou, M.M.
履歴
登録2010年10月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi-like protein 1
B: 5'-R(*UP*GP*AP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2442
ポリマ－17,2442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Piwi-like protein 1


分子量: 15673.758 Da / 分子数: 1 / 断片: PAZ domain, UNP residues 266-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIWIL1, HIWI / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96J94
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*AP*CP*A)-3'


分子量: 1570.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HN(CA)CB
1223D HN(COCA)CB
1323D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1513D 13C-Edited-13C/15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100 mM sodium phosphate-1, 150 mM sodium chloride-2, 5 mM [U-100% 2H] DTT-3, 100% D2O100% D2O
2100 mM sodium phosphate-4, 150 mM sodium chloride-5, 5 mM [U-100% 2H] DTT-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium phosphate-11
150 mMsodium chloride-21
5 mMDTT-3[U-100% 2H]1
100 mMsodium phosphate-42
150 mMsodium chloride-52
5 mMDTT-6[U-100% 2H]2
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker DRXBrukerDRX5003
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift calculation
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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