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万見
- PDB-2l4x: Solution Structure of apo-IscU(WT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4x
タイトルSolution Structure of apo-IscU(WT)
要素Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein
キーワードMETAL TRANSPORT / IscU / iron-sulfur cluster / iron-sulfur cluster scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


IscS-IscU complex / L-cysteine catabolic process / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / copper ion binding ...IscS-IscU complex / L-cysteine catabolic process / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / ISC system FeS cluster assembly, IscU scaffold / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU / Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kim, J.H. / Tonelli, M. / Markley, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Three-Dimensional Structure and Determinants of Stability of the Iron-Sulfur Cluster Scaffold Protein IscU from Escherichia coli.
著者: Kim, J.H. / Tonelli, M. / Kim, T. / Markley, J.L.
履歴
登録2010年10月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22012年9月26日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8661
ポリマ－13,8661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Iron-sulfur cluster assembly scaffold protein


分子量: 13865.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: iscU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1R8K3, UniProt: P0ACD4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1422D 1H-13C HSQC
1523D CBCA(CO)NH
1623D C(CO)NH
1723D HNCO
1823D HN(CA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11023D H(CCO)NH
11123D (H)CCH-TOCSY
11232D IPAP 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-0.8 mM [U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 0.7 mM DSS, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.4 mM [U-13C; U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 5 mM DTT, 0.7 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.7-0.8 mM [U-15N] IscU, 20 mM TRIS, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 0.7 mM DSS, 0.5 mM EDTA, 12 mg/mL Pf1 phage, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMIscU-1[U-15N]0.7-0.81
20 mMTRIS-21
5 mMDTT-31
150 mMsodium chloride-41
0.7 mMDSS-51
0.5 mMEDTA-61
1.4 mMIscU-7[U-13C; U-15N]2
20 mMTRIS-82
5 mMDTT-92
0.7 mMDSS-102
150 mMsodium chloride-112
0.5 mMEDTA-122
mMIscU-13[U-15N]0.7-0.83
20 mMTRIS-143
5 mMDTT-153
150 mMsodium chloride-163
0.7 mMDSS-173
0.5 mMEDTA-183
12 mg/mLPf1 phage-193
試料状態イオン強度: 150 / pH: 8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA9003
Bruker DMXBrukerDMX7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA_3.0_intel3.0_intelP.GUNTERT ET AL.精密化
CYANA_3.0_intel3.0_intelP.GUNTERT ET AL.構造決定
VnmrJVariancollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1701 / NOE intraresidue total count: 218 / NOE long range total count: 621 / NOE medium range total count: 416 / NOE sequential total count: 446 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 82 / Protein psi angle constraints total count: 83
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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