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- PDB-2l4v: Three Dimensional Structure of Pineapple Cystatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4v
タイトルThree Dimensional Structure of Pineapple Cystatin
要素Cystatin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Cystatin / protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Cystatin-related, plant / Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, ...Cystatin-related, plant / Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine proteinase inhibitor / Cysteine proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Ananas comosus (アナナス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chyan, C.C.L. / Deli, I.I. / Chen, B.B.J.
引用
ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2012
タイトル: Resonance assignments and secondary structure of a phytocystatin from Ananas comosus
著者: Irene, D. / Chen, B.J. / Lo, S.H. / Liu, T.H. / Tzen, J.T.C. / Chyan, C.L.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Solution structure of a phytocystatin from Ananas comosus and its molecular interaction with papain
著者: Irene, D. / Chung, T.Y. / Chen, B.J. / Liu, T.H. / Li, F.Y. / Tzen, J.T.C. / Wang, C.I. / Chyan, C.L.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4721
ポリマ－15,4721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cystatin


分子量: 15472.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ananas comosus (アナナス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q687J0, UniProt: C9W181*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D C(CO)NH
11013D HBHA(CO)NH
11113D H(CCO)NH
11212D DQF-COSY
11312D 1H-1H NOESY
11413D (H)CCH-COSY
11513D (H)CCH-TOCSY
11613D 1H-15N TOCSY
11713D 1H-15N NOESY
11813D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 to 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pineapple Cystatin-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料単位: mM / 構成要素: Pineapple Cystatin-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] / Conc. range: 0.5-1
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AURELIA3.9.7Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerデータ解析
AURELIA3.9.7Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichcalculation;
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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